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samtools 排序壓縮和?featureCounts 生成基因計數表

SAM文件和BAM文件

1.SAM格式：是一種通用的比對格式，用來存儲reads到參考序列的比對信息，以TAB為分割符的文本格式。主要應用于測序序列mapping到基因組上的結果表示，當然也可以表示任意的多重比對結果。SAM分為兩部分，注釋信息和比對結果部分。
2.BAM格式：SAM的二進制文件，bam文件優點：bam文件為二進制文件，占用的磁盤空間比sam文本文件小；利用bam二進制文件的運算速度快。

#排序壓縮步驟
conda info --envs
conda activate py2env
#下載subread
conda install -c bioconda subread
#測試是否成功
featureCounts -h#成功
cd /home/yinwen/biosoft/hisat2
#壓縮：把 sam文件 轉為 bam文件
samtools view -S genome.sam -b > genome.bam
#排序：samtools sort
samtools sort -n -@ 5 genome.bam -o genome
#計數統計： 
featureCounts -T 5 -t exon -g Parent -a genome.gff -o genome.counts -p genome
#samtools詳情：http://www.360doc.com/content/23/0927/14/1098188476_1098188476.shtml

genome.gff 就是最初下載的注釋文件，如果要統計多個文件的話，在-p 后面跟上就可以，會生成 genome.counts、genome.counts.summary 兩個文件，我們的DG文件也是成功得到如下：

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