PostgreSQL導入mimic4

一、PostgreSQL連接驗證

  1. 正確連接命令
    使用psql工具連接目標數據庫,格式為:
    psql -h 127.0.0.1 -U 用戶名 -d 數據庫名 --password  
    
    示例(用戶名Shinelon,數據庫mimic):
    psql -h 127.0.0.1 -U Shinelon -d mimic --password  
    
    連接成功后會顯示數據庫名=#提示符。

二、數據庫創建

可通過兩種方式創建MIMIC專用數據庫:

  1. 命令行方式:在psql中執行CREATE DATABASE mimiciv;(庫名可自定義,如mimicmimiciv)。
  2. pgAdmin圖形化方式:右鍵“Databases”→“Create”→“Database”,輸入庫名即可。

三、執行建表腳本

通過官方腳本創建MIMIC表結構,支持兩種執行方式:

  1. 命令行執行
    psql -d 數據庫名 -f /絕對路徑/create.sql  
    
    示例(數據庫mimiciv,腳本路徑為本地下載的create.sql):
    psql -d mimiciv -f C:\Users\Shinelon\Downloads\mimic-code-main\mimic-iv\buildmimic\postgres\create.sql  
    
  2. pgAdmin執行:選中目標數據庫→右鍵“Query Tool”→“Open File”選擇create.sql→運行腳本。

四、導入CSV.gz數據

使用load_gz.sql腳本導入壓縮數據,命令格式:

psql -d 數據庫名 -v ON_ERROR_STOP=1 -v mimic_data_dir=數據存放路徑 -f /腳本路徑/load_gz.sql  

示例:

psql -d mimic -v ON_ERROR_STOP=1 -v mimic_data_dir=H:/mimic-iv-2.2 -f C:\Users\Shinelon\Downloads\mimic-code-main\mimic-iv\buildmimic\postgres\load_gz.sql  

關鍵注意事項

  • 確保數據路徑(如H:/mimic-iv-2.2)無中文/特殊符號,PostgreSQL服務有權限訪問(建議復制到本地磁盤,避免移動硬盤)。
  • 系統需安裝gunzip(Windows可通過Git Bash提供),或提前解壓為.csv文件。
  • 執行用戶需有數據庫INSERT權限,可通過GRANT ALL PRIVILEGES ON DATABASE mimic TO Shinelon;授權。

五、添加約束與索引(數據完整性與性能優化)

數據導入完成后,需執行約束腳本(確保數據關聯完整性)和索引腳本(提升查詢效率):

  1. 添加約束(執行constraint.sql):

    psql -d mimiciv -v ON_ERROR_STOP=1 -v mimic_data_dir=H:/mimic-iv-2.2 -f mimic-iv/buildmimic/postgres/constraint.sql  
    

    作用:創建主鍵、外鍵、唯一約束等,保證表間數據關聯正確(如admissions.patient_id關聯patients.patient_id)。

  2. 添加索引(執行index.sql):

    psql -d mimiciv -v ON_ERROR_STOP=1 -v mimic_data_dir=H:/mimic-iv-2.2 -f mimic-iv/buildmimic/postgres/index.sql  
    

    作用:為常用查詢字段(如時間、ID)創建索引,加速后續數據分析查詢(如按患者ID篩選、按時間范圍統計)。

注意

  • 若提示“約束沖突”,可能是數據導入不完整或格式錯誤,需先檢查導入的CSV文件完整性。

六、安裝驗證

  1. 檢查表結構與約束:連接數據庫后執行\dt(查看表)和\d 表名(如\d patients),確認表結構及約束已創建。
  2. 驗證數據與索引
    SELECT COUNT(*) FROM patients;  -- 確認數據導入成功(返回非0值)
    SELECT indexname FROM pg_indexes WHERE tablename = 'admissions';  -- 確認索引已創建
    

通過以上步驟,可完整部署MIMIC數據庫并確保其數據完整性與查詢性能,適用于后續臨床數據分析或研究使用。

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