計算聲子譜

準備的還是vasp的必備文件:POSCAR POTCAR KPOINTS,剩下需要的INCAR、band文件下面代碼可以生成:

#!/bin/bash
if [ ! -f band.conf ];then
cat >>band.conf <<EOF
ATOM_NAME = Ti Al B
DIM = 1 1 1
BAND = 0.0 0.0 0.0  0.5 -0.5 0.5  0.25 0.25 0.25  0.0 0.0 0.0  0.0 0.0 0.5
FORCE_SETS=READ
#ANIME= 0.0 0.0 0.0 
EOF
fi
if [ $# -lt 2 ];thenD="3 3 1"
elif [ $# -eq 2 ];thenD="$1 $2 1"
elseD="$1 $2 $3"
fi
line=`sed -n "/DIM/=" band.conf`
sed -i "$line c DIM = $D" band.conf
phonopy -d --dim="$D" --tolerance=1e-2
if [ ! -f INCAR-phonon ];then
cat > INCAR-phonon <<EOF
SYSTEM = phonon
ISPIN  = 1
PREC   = Accurate
ISTART = 1
ICHARG = 0
ENCUT  = 600
EDIFF  = 1E-8
EDIFFG = -0.0001
NELM   = 100
NSW    = 0
IBRION = -1ISMEAR = 0
SIGMA  = 0.01LWAVE  = .TRUE.
LCHARG = .FALSELPLANE = .TRUE.
ADDGRID= .TRUE.
NPAR   = 4
LSCALU = .FALSE.
NSIM   = 4
EOF
fi
for i in {001..090}
doif [ -f "POSCAR-$i" ]thenif [ ! -d "$i" ]thenmkdir $ificp INCAR-phonon $i/INCARcp KPOINTS POTCAR $imv POSCAR-$i $i/POSCARcd $i#runvasp     -q Highcd ..elsebreakfi
done

KPOINTS設置:

A
0
M
3  3  3
0  0  0

注意,用vasp跑的原子數大概五十左右,太多會慢。我這里是49個,所以擴胞就寫成了1 1 1,結果是否合理可以根據實驗結果對照。

生成的文件需要檢查

在每個目錄下檢查是否有以下文件:

  • vasprun.xml?

  • OSZICAR?

    for i in {001..047}; doif [ ! -f $i/vasprun.xml ] || [ ! -f $i/OSZICAR ]; thenecho "? $i 未完成"fi
    done
    

    在窗口用上面的命令就可以快速檢查。最后,后處理:

  • #!/bin/bash
    for i in {001..090};do
    if [ -d "$i" ];thenif [ ! -f $i/vasprun.xml ];thenecho "no $i/vasprun.xml"exitfiif [ ! -f $i/OSZICAR ];thenecho "no  $i/OSZICAR"exitfib=`grep F= $i/OSZICAR`a=`grep : $i/OSZICAR|tail -1|awk '{print $2}'`echo $b $acp $i/vasprun.xml vasprun.xml-$i#rm -r $i
    elsebreak
    fi
    donephonopy -f vasprun.xml-*
    phonopy -p -s --band-points=1000 --tolerance=1e-2 --factor=521.471 band.conf
    phonopy-bandplot --gnuplot > phonon.out
    

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