適用于三代PacBio HiFi / ONT 長reads數據的結構變異分析。
1. sniffles2安裝
sniffles2需要Python >= 3.10環境,因此用conda創建安裝好3.10的環境。
sniffles2安裝要求:
- Python >= 3.10
- pysam >= 0.21.0
- edlib >=1.3.9
- psutil>=5.9.4
# 創建conda環境
conda create -n py3.10 python=3.10conda install sniffles=2.4# 比對質控基礎軟件安裝
conda install minimap2, nanofilt, samtools -ysniffles