可變剪切的概念
可變剪切是指從一個mRNA前體中通過不同剪接方式，選擇不同的剪接位點組合，所產生不同的mRNA剪接異構體的過程。
可變剪切的分類：
- 外顯子缺失 (Exon skipping)；
- 可變的5’端剪切 (Alternative 5’ splicing)；
- 可變的3’端剪切 (Alternative 3’ splicing)；
- 互斥外顯子 (Mutually exclusive exons)；
- 內含子包含 (Intron retention)。
可變剪切模型預測
應用SpliceGrapher軟件，可以根據轉錄組測序得到的序列和參考基因組的注釋文件生成可變剪切模型。
該分析需要兩種輸入文件，參考基因組注釋gtf/gff3文件和測序reads與參考基因組比對的sam文件。
SpliceGrapher軟件的分析過程比較簡單，共分包括4個步驟：
首先，應用SpliceGrapher包含的物種特性篩選文件，去除sam文件中的假陽性可變剪切；
然后用篩選后的sam文件預測可變剪切模型；
第三步需要用參考基因組的注釋gtf/gff3文件產生已知的可變剪切模型；
最后，用SpliceGrapher的繪圖腳本將可變剪切模型進行可視化。
結果解讀
一個張圖片為一個基因的模型，左下角和右下角的數字分別代表該基因的起始位點和終止位點。
圖中共包括4行，第一行是該基因的注釋文件中所包含基因模型，第二行為根據測序結果與注釋文件共同預測出的基因模型，第三行內容與第二行一致，不同的是只畫出具有代表性的轉錄本，第四行則是測序文件中匹配到各個區域的reads數目。
圖中五邊形代表外顯子，它們之間的連線表示不同的剪接方式。
紫色背景表示有外顯子出現的區域，白色背景表示內含子區域。
圖中白色背景的寬度并不代表真實的內含子長度，有些基因內含子區域遠比外顯子區域長，為了更清楚地展示可變剪切模型，內含子區域會被縮短很多。
不同的可變剪切事件用不同的顏色標注出來，并在圖片下方的圖例中給予解釋。
