Linux上從NCBI序列

要下載NCBI Gene數據庫中所有Gene ID的FASTA格式序列,可以使用以下方法:

使用Entrez Direct命令行工具

  1. 安裝Entrez Direct:
conda install bioconda::entrez-direct
  1. 使用Entrez Direct下載FASTA格式序列:
  esearch -db gene -query "(Triticum aestivum ribosomal RNA) AND \"Triticum aestivum\"[porgn:__txid4565]" | elink -target nuccore | efetch -format fasta > wheat_rRNA.fasta

這個命令將會搜索“wheat rRNA”基因,并鏈接到核酸序列數據庫,然后下載FASTA格式的序列。

手動步驟

  1. 搜索并選擇基因: 在NCBI Gene頁面搜索并選擇目標基因。
  2. 點擊“GenBank”鏈接: 進入詳細的核酸序列頁面。
  3. 下載FASTA格式:
    • 點擊“Send to”按鈕。
    • 選擇“File”選項。
    • 選擇“FASTA”格式。
    • 點擊“Create File”進行下載。

目前發現手動步驟無法找到fasta格式,只能用Entrez Direct命令行工具

如果有具體的基因ID或需要進一步幫助,請提供詳細信息。

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