要下載NCBI Gene數據庫中所有Gene ID的FASTA格式序列,可以使用以下方法:
使用Entrez Direct命令行工具
- 安裝Entrez Direct:
conda install bioconda::entrez-direct
- 使用Entrez Direct下載FASTA格式序列:
esearch -db gene -query "(Triticum aestivum ribosomal RNA) AND \"Triticum aestivum\"[porgn:__txid4565]" | elink -target nuccore | efetch -format fasta > wheat_rRNA.fasta
這個命令將會搜索“wheat rRNA”基因,并鏈接到核酸序列數據庫,然后下載FASTA格式的序列。
手動步驟
- 搜索并選擇基因: 在NCBI Gene頁面搜索并選擇目標基因。
- 點擊“GenBank”鏈接: 進入詳細的核酸序列頁面。
- 下載FASTA格式:
- 點擊“Send to”按鈕。
- 選擇“File”選項。
- 選擇“FASTA”格式。
- 點擊“Create File”進行下載。
目前發現手動步驟無法找到fasta格式,只能用Entrez Direct命令行工具
如果有具體的基因ID或需要進一步幫助,請提供詳細信息。