【數據分析】環境數據降維與聚類分析教程:從PCA到可視化

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文章目錄

    • 介紹
      • 教程內容
        • 數據預處理
        • 主成分分析(PCA)
        • 聚類分析
        • 可視化分析結果
        • 提取簇特征
      • 教程目的
    • 加載R包
    • 數據下載
    • 導入數據
    • 數據預處理
    • 主成分分析(PCA)
      • 計算相關矩陣
      • 繪制相關矩陣熱圖
      • 執行PCA
      • 可視化PCA結果
    • 聚類分析
      • 層次聚類
      • K均值聚類
    • 可視化分析結果
      • 繪制PCA變量圖
      • 聚類結果可視化
    • 提取簇特征
    • 總結
    • 系統信息

介紹

本教程旨在通過R語言及其相關數據分析包,展示如何對環境數據進行主成分分析(PCA)和聚類分析,并將分析結果進行可視化。教程從數據預處理開始,逐步引導讀者完成PCA分析、聚類分析以及結果的可視化展示。通過本教程,讀者將能夠掌握如何使用R語言對環境數據進行降維處理,提取關鍵信息,并通過聚類分析發現數據中的潛在模式。同時,教程還提供了多種可視化方法,幫助讀者更直觀地理解分析結果。

教程內容

數據預處理
  1. 讀取數據:使用read.csv函數讀取環境數據文件。
  2. 數據清洗
    • 移除不需要的列(如土壤變量)。
    • gen_id列設置為行名,并移除該列。
    • 檢查并移除包含缺失值的行。

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