Matlab工具NIFTI包的基本功能函數

Nifti 格式最初是為神經影像學發明的。神經影像信息學技術計劃（NIFTI）將 NIfTI 格式預設為 ANALYZE7.5 格式的替代品。它最初的應用領域是神經影像，但是也被用在其他領域。這種格式的主要特點就是它包含兩個能夠將每個體素的索引（i,j,k）和它的空間位置（x,y,z）關聯起來的仿射坐標。

Tools for NIfTI and ANALYZE image 工具包的基本功能：
（官網提供的Basic Programs，自用隨手保存一下）

網址：https://ww2.mathworks.cn/matlabcentral/fileexchange/8797-tools-for-nifti-and-analyze-image

安裝包：
鏈接：https://pan.baidu.com/s/132B9mbzeli8MvRD6rMpA6A
提取碼：1vw3

如何安裝NIFTI請見鏈接：
https://blog.csdn.net/Alexa_/article/details/132351998?spm=1001.2014.3001.5501

1. load_untouch_header_only.m：僅加載 NIfTI 或 ANALYZE 文件的標題部分。輸入文件將被自動檢測。NIfTI 文件將返回 NIfTI 結構，ANALYZE 文件將返回 ANALYZE 結構。

2. load_nii.m：加載 N 維 NIfTI 文件（其中 N 可以是 3 到 7）或 ANALYZE 文件（其中 N 可以是 3 到 4），并應用標題信息（例如仿射幾何變換、體素強度縮放、等）到數據。如果您的文件超過 3 維（例如時間序列等），您還可以指定一個范圍以僅提取 1 個或多個卷。

3. save_nii.m：將由“load_nii.m”加載或由“make_nii.m”制作的N維NIfTI結構（其中N可以是3到7）保存到NIfTI文件中。

4. make_nii.m：根據N維矩陣和其他可選參數（例如voxel_size、origin等）制作N維NIfTI結構（其中N可以是3到7）。使用“save_nii”命令，可以將“make_nii”生成的 NIfTI 結構保存到 NIfTI 文件中。

5. make_ana.m：根據3D矩陣和其他可選參數（如voxel_size、origin等）制作3D ANALYZE結構。使用“save_untouch_nii”命令，可以將“make_ana”生成的ANALYZE 結構保存到一個ANALYZE 文件中，以便與一些僅限ANALYZE 的程序兼容。

6. reslice_nii.m：重新采樣3D（或4D）NIfTI文件，或在.mat文件中使用仿射矩陣M的ANALYZE文件，并將重新采樣的數據保存到新的NIfTI文件中。該程序將基于仿射矩陣，這對于無法使用“load_nii.m”加載的具有非正交旋轉或剪切的傾斜圖像特別有用。也可以指定voxel_size等，不會造成負面影響，只要記住使用“reslice_nii.m”后不要做切片時間校正即可。

7. pad_nii.m：在 NIfTI 結構中從六個側面中的任何一個填充體積，同時保持始發者、體素大小、數據類型和描述不變。該程序在您使用 reslice_nii 后特別有用，因為新卷很可能具有不同的尺寸。

8. clip_nii.m：從六個側面中的任何一個剪切 NIfTI 結構中的卷，同時保持發起者、體素大小、數據類型和描述不變。該程序在您使用 reslice_nii 后特別有用，因為新卷很可能具有不同的尺寸。

9. view_nii.m：查看和編輯由“load_nii.m”加載或由“make_nii.m”制作的3D（或4D）NIfTI或ANALYZE結構。激活圖、ROI 等可以疊加在背景圖像之上（見上圖）。繪圖視圖可以嵌入到您現有的圖形窗口中。如果你將它作為一個單獨的程序使用，它還可以編輯圖像的方向和體素值，查看體積直方圖，并保存修改后的圖像。

10. load_untouch_nii.m：加載 N 維 NIfTI 文件（其中 N 可以是 3 到 7）或 ANALYZE 文件（其中 N 可以是 3 到 4），但不要應用標題中指示的任何更改。警告：不要使用“view_nii.m”查看由“load_untouch_nii.m”加載的結構。

11. save_untouch_nii.m：保存由“load_untouch_nii.m”加載或由“make_ana. m" 到一個新的 NIfTI 或 ANALYZE 文件中。如果不修改加載的數據集，則新保存的文件中的標題和數據應與原始文件中的相同。

其他程序：

1.collapse_nii_scan.m：將多個單掃描 NIfTI 或 ANALYZE 文件整合成一個多掃描 NIfTI 文件。

2. expand_nii_scan.m：將一個多次掃描的 NIfTI 文件分解為多個單次掃描的 NIfTI 文件。

3. save_untouch_slice.m：用load_untouch_nii加載的部分切片保存回原始圖像。您可以以任何方式處理這些切片矩陣，只要它們的尺寸不變。

4. get_nii_frame.m：返回一個NIfTI文件的時間幀數。

5.flip_lr.m：沿穿過originator的平面左右翻轉NIfTI或ANALYZE文件，并將LR翻轉后的數據保存到NIfTI文件中。警告：請謹慎使用此程序，盡管您可以隨時將其翻轉回來。

6. load_nii_ext.m：從 NIfTI 文件加載頭擴展。

7. mat_into_hdr.m：將舊 SPM .mat 文件中的仿射矩陣集成到其 .hdr 頭文件中。因此，ANALYZE 文件被轉換為帶有更新的 .hdr 頭文件的 NIfTI 文件。