NCBI大搜索之目的基因尋蹤
最近經常碰到查找目的基因的問題,那今天就講一下如何利用NCBI數據庫查找目的基因!
NCBI(National Center For Biotechnology Information),美國國家生物技術信息中心,分子生物學,生物化學及遺傳學領域常用數據庫。
下面以人的GAPDH為例教你如何利用NCBI數據庫尋找目的基因:
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打開NCBI主頁,選擇需要查詢的數據庫,以查詢基因序列為例,選擇”gene”,并在搜索框內輸入查詢內容,此處以“GAPDH”為例,點擊search。
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search后出現所有已經report的所有GAPDH序列,以人的GAPDH為例,點擊需要查看的基因。
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下方打開的對話框為人的GAPDH的基因信息,包含基因序列和氨基酸序列,基因在染色體上的絕對位置,基因在個組中的表達情況等信息。
該基因的轉錄本信息,SNP信息
基因在各組織中表達情況
該基因文獻情況
中間省略很多其他的相關信息
下面是基因的序列信息
其中1.2.3等分別代表的為基因的不同轉錄本,mRNA我們一般重點關注NM開頭的,非編碼RNA一般會以NR開頭,XM為生物信息預測的轉錄本信息。
有時文章中還會提到用到的相關自己提交到數據庫中的序列。
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下面就是如何找到目的基因序列
一般每個基因的轉錄本1是研究最多的,可以從轉錄本編號后邊的“.幾”來判斷該轉錄本更新的次數,更新的次數越多代表該轉錄本研究的越多,被研究的時間也越早。
可以看到該轉錄本的信息
可以直接點擊左側的超鏈接,直接跳轉到對應序列位置,并深色顯示
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還可以直接從序列右上角,進行便捷的序列blast和引物設計
本文僅為個人經驗總結,小伙伴有什么好的經驗可互相交流學習!!!
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