1. taxize分解思路

taxize可以幫助人們從許多數據庫中獲取信息。

由于要處理的數據庫很多，導致taxize包含的功能函數更多。人們可以通過閱讀幫助頁面和官網文檔來瀏覽和學習這些函數。但是很不幸的是，在我閱讀并翻譯完官網文檔后發現，該文檔已經過時了，與幫助頁面出入很大。

官方文檔的中譯內容請見：

• taxize（第一部分）
• taxize（第二部分）
• taxize（第三部分）
• taxize（第四部分）
• taxize（第五部分）

為了對taxize的函數有更加清晰明了的了解和快速上手，我將根據不同的數據庫來整理各自對應的功能函數，進行分塊，最后再對整合式的函數進行整理。我相信這對你我都有很大的幫助。

我們可以直接查看針對目標數據庫的所有可用函數。或者查看針對多個數據庫的整合式函數。

1.1 圖解說明

黃色框內為功能函數
紅色框內為必填參數；
藍色框內為可選參數；
紫色框內為廢棄函數；
橙色框內為參數選項。

綠色框內為內在數據。

表格表示函數的結果格式。

2. 針對不同數據庫的函數組

有一點需要說明，廢棄的函數不會出現在本文中，也不會進行提示。

2.1 APGⅢ

• 數據庫地址：http://www.mobot.org/MOBOT/research/APweb/

• 可用的函數：

  • apgOrders(…)
  • apgFamilies(…)
  • apg_lookup(taxa, rank = “family”)

• 可用的數據：

  • apg_orders
  • apg_families

• 圖解apg
  

2.2 BOLD（barcode of life data system）

• 數據庫地址：http://www.boldsystems.org/
• 可用的函數：
  • get_boldid_()
  • get_boldid()
  • as.boldid()
  • bold.ping()
  • bold.search()
  • bold.downstream()
• 圖解bold