帶 P 值的含數據點的小提琴圖是一種科研數據可視化圖表，它同時呈現數據的分布特征、原始觀測值和統計顯著性：通過小提琴形狀展示概率密度分布（反映數據集中趨勢和離散程度），疊加抖動散點顯示所有原始數據點（避免信息丟失并揭示潛在異常值），并在組間添加帶有 P 值標注的顯著性標記。

本期圖表來源于 2023 年發表于 Nature communication 的文章數據圖。

原文中使用差異小提琴圖展示了 CTSB（Cathepsin B）在不同腫瘤分期（Stage I & II vs. Stage III & IV）HCC（肝細胞癌）患者中的表達水平比較，表達指標為 IDO/area。其中X軸：Stage I & II（n = 119）代表早期腫瘤；Stage III & IV（n = 75）則代表晚期腫瘤；Y軸：CTSB expression（IDO/area）表示單位面積中的 CTSB 表達強度；

每個點表示一個患者樣本，小提琴圖表示表達值的分布，點的顏色區分了兩個組（藍色 vs. 紅色）。

統計顯著性：標注的p值為0.0439，p < 0.05說明在統計學上存在顯著差異。

圖表結論：CTSB 表達在晚期 HCC（Stage III & IV）患者中顯著高于早期患者（Stage I & II）；這表明 CTSB 可能參與了腫瘤進展過程，是潛在的進展相關分子標志物。

本期教程我們來使用Graphpad復現Nature圖形，繪制帶P值的含數據點的小提琴圖。

1.雙擊打開Graphpad，選擇分組，在選項處選擇“為每個點輸入一個Y值并繪圖”；

2.將數據復制進軟件中，點擊新建分析；

3.在跳出的對話框，選擇列分析—t檢驗（和非參數檢驗），點擊確定；跳出對話框后，點擊確定即可；

4.在跳出的分析報告中，可以看出p值為0.0439，樣本值分別為119和75；

5.接著點擊新建圖表，在圖表類型選擇“列”，選擇箱線和小提琴圖，選擇小提琴圖；

6.繪制出來的圖形雛形如下圖所示，接著需要對其進行細節美化；

7.雙擊圖形，選擇不同組別，分別對填充顏色，數據點顏色進行修改；

8.點擊成對比較工具，雙擊對其修改，選擇顯示P值；

9.接著對其進行其他細節美化，包括縱坐標標題，樣本數量添加，字體格式等，其最終效果圖如下圖所示：

以上就是Graphpad繪制帶P值的小提琴圖的基本步驟。帶P值的含數據點的小提琴圖是一種多維度的科研數據呈現方式，它巧妙融合了三種關鍵信息：小提琴輪廓直觀展示數據的概率密度分布（揭示整體形態和離散程度），散布的原始數據點清晰呈現每個觀測值（保留樣本細節并識別離群值），而標注的顯著性P值則定量化驗證組間差異的統計學意義。大家快去試試吧！

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