前言:在上一篇中，我們介紹了利用Metascape零代碼實現富集分析，但是Metascape的富集分析結果是以柱狀圖的形式展示的。文章中更常使用的富集結果可視化方式是氣泡圖。氣泡圖可以通過氣泡的坐標、形狀、顏色、大小等來展示更加豐富的富集分析結果（如P值、數目、占比、類型等）。如果我們想把上述富集柱狀圖改為氣泡圖形式，或者在拿到富集分析結果表格后，經過調整閾值篩選進行重新繪圖，該如何操作呢？

今天給大家介紹三款實現富集分析結果可視化的繪圖工具：微生信、ImageGP和SangerBox網站。這些工具提供了豐富的可視化選項，據以優化(富集) 分結果的展現形式，方便讀者更好地理解和解釋數據。

方式一：

微生信繪制氣泡圖

01數據獲取

以Metascape富集分析結果為例，如下圖所示：在Metascape網站完成富集分析后，點擊Analysis Report Page，跳轉至結果頁面，找到Pathwayand?Process?Enrichment?Analysis，復制以下表格，粘貼至Excel表格。

02登錄微生信網站

在瀏覽器中輸入微生信網址（http://www.bioinformatics.com.cn），在網頁右上角注冊后登錄。

03單擊左列的GO，Pathway圖，選擇多類型氣泡圖。

04數據格式轉化及可視化

上一步點擊后的頁面分為兩個部分，左邊用于粘貼數據和調整參數，右邊是對數據輸入格式的說明。其中調整參數的部分大家可以參考下方的示例圖。

而粘貼數據之前需要先點擊頁面右側“輸入：示例數據”，查看數據格式的標準示例，然后根據示例將第一步得到的數據進行調整，一般需要調整以下內容（原始條目——調整后的條目）：Category?→?Class，Description?→?Description，%?→?Generatio，Count?→?Count，Log10(P)?→?通過公式power(10,?Log10(P))進行轉化得到pvalue。

完成輸入數據、調整參數后，點擊提交。等待幾秒后，右側便會出現結果氣泡圖，在下載處點擊所需的文件格式就可以啦。

05其他形式的富集結果圖

除了上述“多類型氣泡圖”的形式外，該網站工具還提供了其它的富集分析結果可視化方式，下圖展示的是其中兩種形式。其操作方法類似，大家可以根據需求和喜好進行選擇。

方式二：

SangerBox

01訪問SangerBox網站（http://sangerbox.com/home.html），注冊后登錄。

02開始繪制氣泡圖

首先點擊生信工具盒——工具列表——定制化氣泡圖繪制工具，進入繪制氣泡圖頁面。

接下來在表格區域輸入數據，注意這個數據的信息排布與前一個工具有所不同，第一列YData輸入富集途徑（Description），第二列輸入GeneRatio，第三列點大小輸入Count，第四列點顏色輸入P值，第五列點類型輸入Class。

最后根據實際需求調整繪圖參數，如點的大小、點的顏色、點的形狀、背景風格。點擊立即提交，開始繪制氣泡圖。

03導出氣泡圖

于頁面下方導出圖片處導出氣泡圖，在導出之前，可在設置長寬處調整圖片的長度和寬度，在自定義漸變處調整顏色。

方式三：

ImageGP

01登錄ImageGP網站

網站地址：http://www.ehbio.com/ImageGP/index.php/Home/Index/Scatterplot.html

02開始繪制氣泡圖

點擊GO Enrichmentplot，進入以下頁面，頁面上方顯示數據格式Datamatrix，并提示如何選擇必要參數。

操作步驟：

• 粘貼數據至下方白色框中

• 在Essential parameters（必選）區域選擇相應的參數變量

• 在Layout（選填）區域可以改變圖注的位置

• 在Modify plot titles（選填）區域可以輸入X、Y軸名稱

• 在Picture attributes（選填）改變圖片大小

• 右下角點擊Plot進行繪圖

• Plot area可預覽及下載富集氣泡

以上就是實現富集分析結果可視化的工具介紹啦，操作都很簡單，小伙伴可以自己試一試，如果有問題的話可以聯系我們哦！

參考文獻

1.Tang D, Chen M, Huang X, Zhang G, Zeng L, Zhang G, Wu S, Wang Y. SRplot: A free online platform for data visualization and graphing. PLoS One. 2023 Nov 9;18(11):e0294236.

2.Chen T. et al. 2022. ImageGP: An easy-to-use data visualization web server for scientific researchers. iMeta 1: e5.

3.Shen, et al. 2022. Sangerbox: A comprehensive, interaction-friendly clinical bioinformatics analysis platform. iMeta 1(3): e36.