愿武藝晴小朋友一定得每天都開心
在細胞通訊的領域內有cellphoneDB、cellchat、iTALK等多種cell-cell communication的工具；
其中cellchat，我覺得它比較的親民和好看吧^_^
cellchat <- createCellChat(Matrix(health@assays$RNA$data,sparse = T), #用于seurat.v5對象
meta = health@meta.data, group.by="Celltype")
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較固定的代碼模塊 開始！
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## 三、創建CellChat對象
summary(cellchat)
str(cellchat)
levels(cellchat@idents)
groupSize <- as.numeric(table(cellchat@idents)) #查看每個cluster有多少個細胞
groupSize
## 四、導入配體受體數據庫
CellChatDB <- CellChatDB.mouse #小鼠是CellChatDB.mouse #人的是CellChatDB.human
str(CellChatDB) #查看數據庫信息，包含interaction、complex、cofactor和geneInfo
colnames(CellChatDB$interaction)
showDatabaseCategory(CellChatDB) #cellchat的L-R庫還是很全面的
unique(CellChatDB$interacti
)
)
