題外話：
我踩過的坑，都將成為我寫貼的素材！(ㄒoㄒ)
整整安裝了兩天，這里面的滋味懂的都懂。

希望開發作者持續維護。
希望有人或者作者持續打包成sigularity鏡像使用，并且直接傳到github上，傳到docker上下載到linux上也好困難啊(ㄒoㄒ) ，這樣就不會吃conda安裝的苦了。

核心思想：

1. 用mamba 或者conda 安裝，這樣依賴包都同時安裝好了。
2. 網要好。我的實踐是早上網最好，比如7-9點時，我的下載網速最高能達到1.2M/s （因為就算設了清華源等國內源，還是有一部分需要鏈接到國外網址的，這個時候網速就十分受限。所以需要與國外上班族錯峰使用。）
   安裝過程中出現這個報錯就是網不好造成的。👉conda或mamba install 相關軟件報錯
3. 安裝data.table版本為1.14.8

安裝過程中報錯
Error: package or namespace load failed for 'methylKit':object 'key<-' is not exported by 'namespace:data.table'

詳細解釋看后續部分內容。
解決辦法就是安裝data.table到1.14.8或更低版本。👉2025.06.23【甲基化】|methylKit常見疑難解答與實用技巧（FAQ）
但是博主的方法我用了不成功，所以這里提供另一種方法。

正式開始：

1. 創建環境并安裝所需包，部分細節看👉被迫在linux上用R（真的很難用啊）之如何在linux上正常使用R

mamba create -n methylkit_5 -c bioconda -c conda-forge bioconductor-methylkit bioconductor-genomation r-data.table=1.14.8 -y

bioconductor-methylkit 必須安裝
bioconductor-genomation 是為了后續將差異甲基化位點注釋到基因組上
r-data.table=1.14.8 必須指定版本安裝，讓mamba自動匹配合適的methylkit和genomation。（這就是我說的另一種方法，從安裝的時候就指定版本，這是我折騰最久的地方，不多說了。）

安裝關鍵過程：

+ bioconductor-methylkit                   1.28.0  r43hf17093f_1         bioconda        Cached
+ bioconductor-genomation                  1.34.0  r43hf17093f_1         bioconda        Cached
+ r-base                                    4.3.3  h65010dc_18           conda-forge     Cached
+ r-data.table                             1.14.8  r43h029312a_2         conda-forge     Cache...
Downloading and Extracting Packages:Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: doneTo activate this environment, use$ mamba activate methylkit_5To deactivate an active environment, use$ mamba deactivate

這里不禁要提一下原作者github上的issue部分：
原鏈接👉添加鏈接描述
防止有人打不開，這里再附一張截圖

這里作者解釋了，這個報錯就是因為data.table更新了，新版本刪除了一個函數。作者修復了這一報錯，并建議從R版本為4.4的Bioconductor下載1.32.1版本的methylKit。（原文自己細看，這里是我的理解。）

但是bioconda里的版本截至到目前只更新到1.32.0（2025/8/29），這意味著linux上安裝methylkit建議還是安裝data.table的舊版本（1.14.8），methylkit安裝的版本也是舊版本，比如1.28.0。同時，也意味著，如果在電腦本地安裝，可以將R升級到4.4版本，然后Bioconductor就可以安裝methylkit的最新版本了。

（nigiord的源可能不靠譜，不建議嘗試，頭鐵也可以試試安裝看下有沒有問題。）

2. 檢測是否安裝成功

① 激活環境
mamba activate methylkit_5
② 打開R
直接命令行中輸入R，進入R
輸入.libPaths() #查看當前R包路徑
臨時改成該環境methylkit_5的R包路徑

.libPaths(c("/storage2/zuozhe/mambaforge/envs/methylkit_5/lib/R/library", .libPaths()))

這里每個人的路徑都不一樣，如果不確定可以去翻mambaforge/envs/methylkit_5/lib/R/library
就能得到自己的絕對路徑了。
③ library對應包，如果沒出現報錯說明就安裝成功了，正常使用。

(methylkit_5) zuozhe@server:~$ RR version 4.3.3 (2024-02-29) -- "Angel Food Cake"
Copyright (C) 2024 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-conda-linux-gnu (64-bit)R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
You are welcome to redistribute it under certain conditions.
Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.R is a collaborative project with many contributors.
Type 'contributors()' for more information and
'citation()' on how to cite R or R packages in publications.Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
'help.start()' for an HTML browser interface to help.
Type 'q()' to quit R.
> .libPaths()
> .libPaths(c("/storage2/zuozhe/mambaforge/envs/methylkit_5/lib/R/library", .libPaths()))
> library(methylKit)
Loading required package: GenomicRanges
Loading required package: stats4
Loading required package: BiocGenericsAttaching package: 'BiocGenerics'The following objects are masked from 'package:dplyr':combine, intersect, setdiff, unionThe following objects are masked from 'package:stats':IQR, mad, sd, var, xtabsThe following objects are masked from 'package:base':Filter, Find, Map, Position, Reduce, anyDuplicated, aperm, append,as.data.frame, basename, cbind, colnames, dirname, do.call,duplicated, eval, evalq, get, grep, grepl, intersect, is.unsorted,lapply, mapply, match, mget, order, paste, pmax, pmax.int, pmin,pmin.int, rank, rbind, rownames, sapply, setdiff, sort, table,tapply, union, unique, unsplit, which.max, which.minLoading required package: S4VectorsAttaching package: 'S4Vectors'The following objects are masked from 'package:dplyr':first, renameThe following object is masked from 'package:utils':findMatchesThe following objects are masked from 'package:base':I, expand.grid, unnameLoading required package: IRangesAttaching package: 'IRanges'The following objects are masked from 'package:dplyr':collapse, desc, sliceLoading required package: GenomeInfoDbAttaching package: 'methylKit'The following object is masked from 'package:dplyr':select> library(genomation)
Loading required package: gridAttaching package: 'genomation'The following objects are masked from 'package:methylKit':getFeatsWithTargetsStats, getFlanks, getMembers,getTargetAnnotationStats, plotTargetAnnotationWarning message:
replacing previous import 'Biostrings::pattern' by 'grid::pattern' when loading 'genomation'

④ 如果library過程或者運行methylkit中報錯了缺啥包，就缺啥包再安裝啥包 （Warning message 影響不大）。這種情況沒什么更好的經驗，可以嘗試在R中直接安裝，也可以在bioconda中找到對應的包安裝，再重新library。如果折騰來折騰去都沒成功，建議重新建個環境，加上所需的包，比如我的就要求加上dplyr包，所以最終我的命令是：

mamba create -n methylkit_5 -c bioconda -c conda-forge bioconductor-methylkit bioconductor-genomation r-data.table=1.14.8 r-dplyr -y

目前就是這樣，研究methylkit命令去了。沒看到最后不知道還有個最終命令吧。