源碼地址:https://github.com/AIM-Harvard/pyradiomics
pyradiomics是一個開源的Python軟件包,專門用于從醫學影像中提取高通量的定量特征,這些特征被稱為影像組學(Radiomics)特征。以下是關于pyradiomics的詳細介紹:
一、基本概念
pyradiomics是基于影像組學的理念開發的。影像組學的概念最早由荷蘭馬斯特里赫特大學的Lambin在2012年提出,它是指從醫學影像中高通量地提取大量描述腫瘤等病變特征的影像特征。這些特征可以通過機器學習等方法建立預測模型,用于更深層次的數據挖掘、預測和分析。
二、特征提取
pyradiomics可以從醫學影像中提取大量的定量特征,這些特征包括形狀特征、直方圖特征、灰度共生矩陣特征、灰度大小區域矩陣特征等。這些特征可以提供關于圖像中組織結構和分布的信息,對于輔助醫學診斷和治療方案選擇具有重要意義。
三、應用場景
pyradiomics在醫學領域有廣泛的應用,特別是在腫瘤學、神經科學、心血管疾病等領域。通過提取和分析醫學影像中的大量圖像特征,可以揭示潛在的生物學特征、疾病信息和治療預測。此外,它還可以用于預后評估、療效預測以及疾病情況的評估。
四、使用步驟
使用pyradiomics進行特征提取的基本步驟包括:
數據準備:準備醫學影像數據,可以是CT掃描、MRI、PET等。
安裝并導入pyradiomics庫。
初始化特征提取器,并設置相關參數,如圖像類型、特征類等。
提取特征:使用pyradiomics提供的API導入影像數據并進行特征提取。
輸出和分析提取到的特征。
五、價值與意義
pyradiomics作為一個開源的Python軟件包,為醫學研究人員和臨床醫生提供了一個強大的工具,可以從醫學影像中提取出有價值的定量特征。這些特征不僅可以用于輔助診斷,還可以為治療方案的制定和預后評估提供更多信息。此外,pyradiomics的開源性和靈活性使得研究人員可以根據自己的需求進行定制化的特征提取和分析。
為了方便大家安裝pyradiomics安裝特將whl文件匯總如下:
序號 | 版本名稱 | 下載地址 |
---|---|---|
1 | pyradiomics-3.0.1-cp37-cp37m-win-amd64.whl | 點我下載 |
2 | pyradiomics-3.0.1-cp38-cp38-win-amd64.whl | 點我下載 |
3 | pyradiomics-3.0.1-cp39-cp39-win-amd64.whl | 點我下載 |
4 | pyradiomics-3.0.1-cp310-cp310-win-amd64.whl | 點我下載 |
5 | pyradiomics-3.0.1-cp311-cp311-win-amd64.whl | 點我下載 |
如果您的python環境為3.7版本那么很可能你安裝不上simpleITK模塊,為此您需要先下載SimpleITK-2.2.1-cp37-cp37m-win-amd64.whl安裝和這個whl文件然后在安裝pyradiomics即可,當然只有3.7版本有這個問題,>=3.8的python很輕松自動安裝完成simpleITK模塊。