AlphaFold Protein Structure Database (AlphaFold DB) 是 DeepMind + EMBL-EBI 合作開發的公開蛋白質結構預測數據庫，是利用 AlphaFold2/AlphaFold3 AI模型 預測的全基因組級蛋白質三維結構庫。

網址： https://alphafold.ebi.ac.uk

項目	內容
主辦單位	DeepMind + EMBL-EBI
上線時間	2021年7月
數據來源	UniProt 蛋白質序列 (種屬覆蓋廣泛)
數據規模 (2024)	2.14億條蛋白質結構 (覆蓋 UniProt90%以上)
AI模型	AlphaFold2 (初版) AlphaFold-Multimer (多聚體預測) AlphaFold3 (部分功能逐步整合)
特色	① 結構覆蓋率極高 ② 單體、多聚體結構預測均有 ③ 每個殘基有置信度評分

AlphaFold DB 的數據特點

特征	說明
預測對象	單體蛋白質主序列 (來自 UniProt)
結構內容	預測蛋白主鏈和側鏈原子坐標 (PDB格式)
置信度指標	pLDDT (per-residue confidence score, 0–100) PAE (Predicted Aligned Error, 對接誤差矩陣)
結構質量提示	高 pLDDT (>90) → 可信主鏈/側鏈 中等 pLDDT (70–90) → 大體可靠 低 pLDDT (<70) → 低可信 (無序/柔性區段)
多聚體結構	采用 AlphaFold-Multimer 預測 (部分條目)
版本更新	不斷覆蓋新種屬/新序列 (同步 UniProt)

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數據庫網站功能

功能	說明
Search (搜索)	輸入 UniProt ID、蛋白名稱、基因名稱
Browse (瀏覽)	按種屬 (如 Human, E.coli) 篩選
Structure viewer (結構可視化)	內置 Mol* 瀏覽器 → 高質量3D交互式結構
Download (下載)	PDB格式結構文件、JSON格式置信度、PAE矩陣