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文章目錄
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- 介紹
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- 數據準備與過濾
- 統計分析
- 可視化繪圖
- 抗藥性分析
- 系統發育分析
- 加載R包
- 數據下載
- Supp figure 1
- Fig 1a
- Fig 1c
- Fig 1d
- Fig 1e
- Fig 1f
- Supp figure 3
- Supp figure 4
- Supp figure 5
- Figure 2a
- Figure 3
- Figure 4a
- Figure 4b
- Supp figure 8
- Supp figure 9
- 總結
- 系統信息
介紹
一個綜合性的生物信息學分析腳本，主要用于處理和分析大腸桿菌（Escherichia coli）的基因組數據。它涵蓋了從數據過濾、統計分析到可視化繪圖的多個步驟，旨在揭示不同序列型（Sequence Type, ST）大腸桿菌在不同年份、不同來源（如尿液、血液等）中的分布情況，以及它們的抗藥性特征和系統發育關系。
數據準備與過濾
腳本首先加載了多個數據文件，這些文件包含了大腸桿菌的元數據、基因組信息以及抗藥性數據。通過一系列的過濾步驟，腳本篩選出了特定年份（如2024年）的數據，并根據樣本來源（如人類、尿液、血液等）進行了分類。這些過濾步驟確保了后續分析的準確性和相關性。
統計分析
在數據過濾之后，腳本進行了詳細的統計分析。例如，計算了不同序列型在特定年份的分布比例，以及在特定樣本來源（如尿液和血液）中的占比。這些統計分析幫助研究人員了解不同序列型的流行趨勢和臨床相關性。
可視化繪圖
腳本的可視化部分使用了ggplot2和ggtree等R語言包，生成了多種圖表。這些圖表包括條形圖、堆疊柱狀圖、系統發育樹和熱圖等，用于直觀展示數據的分布和關系。例如，某些圖表展示了不同序列型在不同年份的流行趨勢，而另一些圖表則展示了不同序列型在不同樣本來源中的分布情況。
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