本章教程,記錄如何在wsl2+ubuntu下載通過conda安裝prokka軟件包。
Prokka 是一個快速的、功能強大的基因組注釋工具,特別適用于細菌基因組的注釋。它能夠自動化完成從基因組序列到功能注釋的整個流程,包括基因的識別、功能預測和注釋,并且支持多種文件格式輸出,廣泛應用于微生物基因組學研究中。
主要功能
基因預測:Prokka 能夠從基因組序列中預測蛋白質編碼基因,rRNA、tRNA、ncRNA 等。注釋功能:為預測的基因提供功能注釋,基于多個公共數據庫如 UniProt, RefSeq, NCBI 等。
高效:Prokka 是為了快速處理大規模數據而設計的,它能在短時間內對大量基因組進行注釋。
多樣的輸出格式:支持 GenBank、GFF3、GBK 等文件格式輸出,便于與其他工具兼容。
支持多種微生物基因組:包括細菌、古菌等微生物的基因組。
一、創建新的虛擬環境
為了能夠順利安裝,建議安裝在新的虛擬環境,可以避免一些依賴包沖突導致安裝失敗。
conda create -n prokka_env