---

🔬 成功在 Conda Python 2.7 環境中安裝 Clipper（eCLIP peak caller）

本文記錄了如何在無 root 權限下使用 Conda 環境，解決依賴、構建擴展模塊并成功安裝運行 clipper 的詳細流程。適用于再現 eCLIP 分析流程時遇到 clipper 安裝失敗的情況。

---

🧱 環境準備

? 創建 Python 2.7 環境

conda create -n clipper_py27 python=2.7
conda activate clipper_py27

---

📦 安裝依賴

? 安裝 GCC 編譯器（適用于無 root 的 Conda 環境）

conda install -c conda-forge gcc_linux-64=7 gxx_linux-64=7

---

? 安裝編譯依賴

conda install cython numpy pysam pybedtools

有些模塊的最新版本不支持 Python 2.7，請手動指定版本：

conda install "numpy<=1.16" "pysam<=0.15.3" "pybedtools<=0.8.1" -c bioconda -c conda-forge

---

? 下載 clipper 源碼并切換到歷史兼容版本

git clone https://github.com/YeoLab/clipper.git
cd clipper
git checkout 5d865bb17b2bc6787b4c382bc857119ae917ad59

這個版本兼容 Python 2.7，且沒有使用過高版本的 scikit-learn, matplotlib, scipy 等依賴。

---

?? 編譯 Cython 和 C++ 模塊

Clipper 依賴兩個擴展模塊：readsToWiggle 和 peaks，需要先構建：

python setup.py build_ext --inplace

如果遇到 crypt.h: No such file or directory 錯誤，需安裝 libxcrypt-dev（若無 sudo 權限，可聯系管理員，或在支持的 HPC 環境中使用系統模塊加載）。

---

🛠 安裝 clipper 到 Conda 環境中（避免 egg）

為避免 .egg 導入失敗，使用標準方式安裝：
其中setup中一些依賴包的版本應該如下：

##setup.py
install_requires = ['setuptools', 'pysam >= 0.15.3','numpy <= 1.16.6 ','scipy<=1.2.1','matplotlib<=2.2.5','pybedtools <= 0.7.10','scikit-learn <=0.20.4','HTSeq<=0.6.1'],

python setup.py install --single-version-externally-managed --record record.txt

---

🧩 修復擴展模塊無法找到的問題

有時安裝完成后運行 clipper 仍報錯：

ImportError: No module named peaks

雖然 clipper/src/peaks.so 已編譯成功，但 Python 可能無法找到它。解決方法如下：

? 手動創建模塊路徑并復制 .so 文件：

mkdir -p $CONDA_PREFIX/lib/python2.7/site-packages/clipper/src/
cp ./clipper/src/peaks.so $CONDA_PREFIX/lib/python2.7/site-packages/clipper/src/

確認成功導入：

python -c "import clipper.src.peaks; print(clipper.src.peaks)"

---

? 最終測試 clipper 是否可用

clipper --help

成功輸出幫助信息：

usage: clipper [-h] [-b BAM_FILE] [-s STRANDEDNESS] ...

🎉 至此，Clipper 已成功在 Python 2.7 Conda 環境中安裝并可正常運行！

---

💡 小貼士

• 避免使用 setup.py install 安裝為 .egg 格式，否則 Python 2.7 下容易出現 ImportError。
• 若你在服務器中沒有 root 權限，建議提前準備 GCC 環境（如 gcc_linux-64），并避免使用 pip 安裝依賴。
• 建議將 clipper 安裝在 ~/eCLIP/bin/clipper 目錄中并作為模塊管理。