需求描述

使用AutoDock CrankPep or ADCP進行蛋白質多肽對接

硬件及系統配置

自用電腦型號如下：
電腦：Precision Tower 7810 (Dell Inc.)
CPU ： Intel? Xeon? CPU E5-2686 v4 @ 2.30GHz
GPU： NVIDIA GeForce GTX 1070
Linux版本：Linux version 6.4.0-150600.23.30-default
Opensuse版本：Opensuse 15.4

安裝AutoDock CrankPep v1.0

嘗試過安裝AutoDock CrankPep v1.1，這個版本使用micromamba來安裝，結果由于網絡問題，沒有安裝成功。最后轉而安裝AutoDock CrankPep v1.0，從源文件安裝

下載軟件

可以從如下鏈接下載源文件：https://ccsb.scripps.edu/adcp/downloads/，由于我在linux電腦上面安裝，所以使用ADFRsuite 1.0 Linux 64 tarball installer直接進行下載。

安裝軟件

#解壓軟件
tar zxvf ADFRsuite_x86_64Darwin_1.0.tar.gz
#建立安裝目錄
sudo mkdir /soft/ADFRsuite
#進入源文件目錄并安裝
cd ADFRsuite_x86_64Darwin_1.0
sudo ./install.sh -d /soft/ADFRsuite -c 0
#創建環境變量
export PATH=/soft/ADFRsuite/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/soft/ADFRsuite/lib:$LD_LIBRARY_PATH

多肽對接 – 教程（3Q47）

下載教程文件

瀏覽器打開 https://ccsb.scripps.edu/adcp/download/1063/
unzip ADCP_tutorial_data.zip
cd ADCP_tutorial_data/3Q47

預處理分子結構

# 分子結構加氫
/soft/ADFRsuite/bin/reduce 3Q47_rec.pdb > 3Q47_recH.pdb
/soft/ADFRsuite/bin/reduce 3Q47_pep.pdb > 3Q47_pepH.pdb
# 預處理分子結構，并且將結構轉換為PDBQT格式
/soft/ADFRsuite/bin/prepare_receptor -r 3Q47_recH.pdb
/soft/ADFRsuite/bin/prepare_ligand -l 3Q47_pepH.pdb

生成目標文件（3Q47.trg）

/soft/ADFRsuite/bin/agfr -r 3Q47_recH.pdbqt -l 3Q47_pepH.pdbqt -asv 1.1 -o 3Q47

上面的命令會根據多肽的位置（3Q47_pepH.pdbqt）定義蛋白質的口袋，并且向外拓展0.4 納米的區域。如果您的多肽并不在口袋內部的話，我們建議您首先構建一個虛擬的配體分子，并且將這個分子手動移動到蛋白質的口袋區域（借助pymol或者Maestro等工具）

多肽對接

/soft/ADFRsuite/bin/adcp -t 3Q47.trg -s npisdvd -N 20 -n 1000000 -o 3Q47_redocking -ref 3Q47_pepH.pdb

adcp軟件的參數如下：
重要的參數有 -N 20 以及 -n 1000000，意思是：進行20次獨立的搜索，每次搜索經歷1000000步驟，這兩個值越大，代表對接的精度越高。默認值是-N, —nbRuns 50 以及 -n, –numSteps 2.5 million

usage: usage: python runADCP.py -s GaRyMiChEL -t rec.trg -o outputAutoDock CrankPepoptional arguments:-h, --help            show this help message and exit-v, --version         show program's version number and exit-s SEQUENCE, --sequence SEQUENCEinitialize peptide from sequence, lower case for coiland UPPER case for helix-p PARTITION, --partition PARTITIONpartition for starting from a mixture of helix/coilconformation, percentage(helix)=partition/100 notethis option will overwrite the CaSe in sequence-i INPUT, --input INPUTuse conformation from pdb file as input-t TARGET, --target TARGETa zipped file prepared with AGFR describing thereceptor-n NUMSTEPS, --numSteps NUMSTEPSmax step for one replica-N NBRUNS, --nbRuns NBRUNSnumber of replicas-c MAXCORES, --maxCores MAXCORES-o JOBNAME, --jobName JOBNAME-y, --dryRun          print the first adcp command line and exit-cyc, --cyclic        option for cyclic peptide through backbone-cys, --cystein       option for cyclic peptide through CYS-S-S-CYS-O, --overwriteFiles  overwrite existing output files silently-S SEEDVALUE, --seed SEEDVALUEseed for random number generator-nc NC, --natContacts NCnative contacts cutoff used in the clustering-rmsd RMSD, --rmsd RMSDbackbone rmsd cutoff used in the clustering-ref REF, --ref REF   reference peptide structure for calculating rmsd andfnc