1. 醫學圖像數據增強擴展模塊
基于3D Slicer5.1.0 編寫了一個測試醫學圖像的數據增強測試擴展模塊。
擴展模塊名:DataAugementation
項目地址:DataAugmentation
下載該項目后,可以將該擴展模塊添加到3D Slicer的擴展中。
關于如何給3DSlicer 添加擴展可以看我前面的博客 Slicer學習筆記(十八)添加一個python擴展包 。
1.1. 擴展模塊UI
共為數據增強模塊配置了:平移變換、旋轉變換、高斯濾波、高斯噪聲、鏡像變換、亮度變換、對比度變換、分辨率變換、伽馬變換,共九種變換,并且設置了可調參數控件。
1.2. 數據增強的實現
數據增強的實現,目前底層考慮了batchgenerators、SimpleITK、MONAI三個底層庫的實現,還可以添加其他庫,比如ITK、VTK等。
希望感興趣的朋友可以fork代碼,完善現有實現,添加其他實現。
對于安裝后無法直接打開的,可以根據提示安裝缺少的依賴庫。
比如 batchgenerators,在3D Slicer 的python交互器中輸入下面的命令安裝依賴庫。
pip_install("batchgenerators")
1.3. 數據增強測試
1.3.1. 數據平移變換
數據沿z方向向下平移22.7mm.
1.3.3 數據旋轉變換
沿x軸旋轉58.7°