Slicer學習筆記(六十五) 3DSlicer的醫學圖像數據增強擴展模塊

1. 醫學圖像數據增強擴展模塊

基于3D Slicer5.1.0 編寫了一個測試醫學圖像的數據增強測試擴展模塊。
擴展模塊名:DataAugementation
項目地址:DataAugmentation
下載該項目后,可以將該擴展模塊添加到3D Slicer的擴展中。
關于如何給3DSlicer 添加擴展可以看我前面的博客 Slicer學習筆記(十八)添加一個python擴展包 。

1.1. 擴展模塊UI

共為數據增強模塊配置了:平移變換、旋轉變換、高斯濾波、高斯噪聲、鏡像變換、亮度變換、對比度變換、分辨率變換、伽馬變換,共九種變換,并且設置了可調參數控件。
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1.2. 數據增強的實現

數據增強的實現,目前底層考慮了batchgenerators、SimpleITK、MONAI三個底層庫的實現,還可以添加其他庫,比如ITK、VTK等。
希望感興趣的朋友可以fork代碼,完善現有實現,添加其他實現。
請添加圖片描述
對于安裝后無法直接打開的,可以根據提示安裝缺少的依賴庫。
比如 batchgenerators,在3D Slicer 的python交互器中輸入下面的命令安裝依賴庫。

pip_install("batchgenerators")

1.3. 數據增強測試

1.3.1. 數據平移變換

數據沿z方向向下平移22.7mm.
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1.3.3 數據旋轉變換

沿x軸旋轉58.7°
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