在linux中用同一個版本的R 同時安裝 Seurat 2 和 Seurat 3

Seurat? 作為單細胞分析中的重量級R包，有多好用用，用過的人都知道。Seurat 分析流程基本涵蓋了單細胞分析中的所有常見分析方法，包括filtering，tSNE，UMAP降維及畫圖等。還有一個重量級功能就是矯正不同實驗之間的批次效應。然而Seurat 2和Seurat 3的矯正方法完全不一樣，得到的結果也不一致。Seurat 2是基于CCA (典型相關性)的，可以矯正腫瘤，外周血及癌旁組織間由于實驗帶來的批次效應，也能很好的矯正用不同的單細胞實驗平臺進行試驗帶來的批次效應。雖然速度慢，效果還是不錯的。而Seurat 3 則是基于樣本間具有相似表達譜的細胞群來進行矯正，對于同一種性質的實驗，由于不同單細胞技術造成的實驗批次效應，seurat 3 能夠很好的矯正。從官網給的pancers矯正結果就可以看到其矯正能力多么強大。然而正式因為如此強大的矯正能力，對于腫瘤和外周血樣本的矯正卻過了頭，導致不該分在一起的細胞具有了相似的基因表達譜。本人也是做了好幾個課題，發現都存在這樣的問題，因此果斷放棄Seurat 3的矯正方法，繼續用Seurat 2的。但是Seurat 3的 findmarker 這個功能可以一次計算10萬以上的細胞不報錯，而Seurat 2就不行，折衷的方案是同時安裝 Seurat 2和 Seurat 3的包，在內存里切換數據，而不用寫到本地后再用Seurat 3讀取后升級。尤其是對于動輒10幾萬個細胞來說，保存數據到本地這個操作要花費至少30min, 讀取也要30min.

下面我就告訴大家不用讀寫到本地就可以在Seurat 2 和 Seurat 3之間完美切換，。

其實方法很簡單，將Seurat 2和 Seurat 3 安裝在不同的 library 里面就行了。

我已經安裝好了，以我自己進行的自由切換為例:

> R.version

_

platform x86_64-conda_cos6-linux-gnu

arch x86_64

os linux-gnu

system x86_64, linux-gnu

status

major 3

minor 6.1

year 2019

month 07

day 05

svn rev 76782

language R

version.string R version 3.6.1 (2019-07-05)

nickname Action of the Toes

我用的是最新的R版本 3.6.1很好用。

默認的library 是conda 自帶的

> .libPaths()

[1] "/data/home/heshuai/anaconda3/lib/R/library"

默認的Seurat是最新版的 Seurat 3

> library(Seurat)

Registered S3 method overwritten by 'R.oo':

method from

throw.default R.methodsS3

> packageVersion("Seurat")

[1] ‘3.0.2’

我在另一個library 里安裝了 Seurat 2

/data/home/heshuai/R/x86_64-conda_cos6-linux-gnu-library

在兩者間自由切換

1. 首先將 Seurat 2 所在的library 加載進來

> .libPaths("/data/home/heshuai/R/x86_64-conda_cos6-linux-gnu-library")

> .libPaths()

[1] "/data/home/heshuai/R/x86_64-conda_cos6-linux-gnu-library" "/data/home/heshuai/anaconda3/lib/R/library"

>

2. detach Seurat 3 后加載 Seurat 2, 因為這個時候Seurat 2 所在的library 已經在Seurat 3 之前了，系統會默認先加載Seurat 2

> detach("package:Seurat", unload = T)

> library(Seurat)

Loading required package: ggplot2

RStudio Community is a great place to get help: https://community.rstudio.com/c/tidyverse.

Loading required package: cowplot

********************************************************

Note: As of version 1.0.0, cowplot does not change the

default ggplot2 theme anymore. To recover the previous

behavior, execute:

theme_set(theme_cowplot())

********************************************************

Loading required package: Matrix

> packageVersion("Seurat")

[1] ‘2.3.4’

>

現在Seurat 3已經成功的切換成Seurat 2了. 想要加載Seurat 3的時候，將默認library 換到Seurat 2的前面即可。

是不是 so easy !

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