如何利用機器學習分析篩選生物標記物

在生物信息學中,Lasso回歸、隨機森林(Random Forest)和XGBoost因其各自的特性和優勢,被廣泛應用于基因組學、蛋白質組學、藥物發現和疾病機制研究等領域。

Lasso回歸

癌癥亞型分類:從TCGA數據中篩選驅動基因(如BRCA1、TP53等);

甲基化數據分析:識別與疾病相關的差異甲基化位點(DMRs);

尋找SNP(單核苷酸多態性)與基因表達的關聯;

宏基因組數據篩選關鍵微生物標志物(如腸道菌群與疾病的關聯)。

隨機森林

阿爾茨海默病(AD)的血液生物標志物篩選(如Aβ、tau蛋白相關基因);

XGBoost

基因組關聯分析(GWAS)增強:整合多個SNP+環境因素,提高預測能力;

單細胞RNA-seq數據聚類:XGBoost結合PCA降維,提高細胞類型分類準確率;

藥物響應預測:基于基因突變+表達數據訓練XGBoost模型的藥物敏感性預測。

總體來說,上述三種機器學習都非常適用于生物標記物的篩選,例如基因、蛋白、甲基化位點或是SNP等等。

【掌上生信繪圖平臺(https://handybioplot.cn)】提供了上述三種機器學習分析工具,無需編寫代碼,只需要上傳文件即可一鍵分析并自動繪制相關圖片,為您節約寶貴的時間成本。

使用說明

分析參數

結果圖

繪圖參數

結果圖片還可以使用繪圖參數自由修改

任務列表

如果分析結果不滿意,可以修改參數重新提交分析,所有任務獨立記錄,可自由切換查看結果

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