生物學意義
解析非加性遺傳效應
特殊配合力（SCA）主要反映特定親本組合的雜交優勢，由非加性遺傳效應（如顯性、超顯性、上位性）驅動。顯性效應涉及等位基因間的顯性互作，上位性效應則涉及不同位點間的基因互作。通過SCA-GWAS，可以定位調控這些非加性效應的關鍵基因組區域。
揭示雜交優勢的遺傳基礎
傳統GWAS通常基于加性效應（GCA），而SCA-GWAS能直接解析雜交組合特有的遺傳互作模式，揭示為何某些親本組合能產生超親優勢。
挖掘隱性遺傳資源
SCA關聯位點可能對應隱性有利等位基因，這些基因在純合狀態下不表現優勢，但在雜合狀態下通過顯性效應發揮作用。
應用價值
指導雜交育種
通過SCA關聯位點預測最佳雜交組合，減少田間試驗成本。篩選攜帶高SCA等位變異的親本，定向創制高配合力材料。
優化群體結構
基于SCA關聯位點的等位變異，劃分親本雜種優勢群，提高組配效率。整合SCA-GWAS結果，設計包含互補位點的親本基因組。
解析復雜性狀
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