轉自生信師兄

生信必備技巧之R語言基礎教程

1. 學習資源

• 推薦書籍：R語言實戰，R數據科學等等；

  這兩本書在公眾號【生信師兄】都有pdf版，有需要的可以關注公眾號【生信師兄】并回復：“R語言”，即可獲得免費電子版書籍。

• 遇見bug怎么辦

  • R語言初學者必備-cheatsheet大全：https://www.rstudio.com/resources/cheatsheets/

  • R語言菜鳥教程：https://www.runoob.com/r/r-tutorial.html

  • 簡書、知乎等各大平臺都會提供很多生信分析常見的教程，一定要利用好這些資源；

  • 報錯怎么辦：度娘來幫忙；一定要學會百度！一定要學會百度！一定要學會百度！

2. 了解并安裝R, Rstudio 及R包

• 下載R語言的軟件: https://cran.r-project.org/bin

• 下載Rstudio這個R編輯器: https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/

• 安裝一些必要的包：

  • 什么是R包：包是 R 函數、實例數據、預編譯代碼的集合，包括 R 程序，注釋文檔、實例、測試數據等；

  • 安裝包 install.packages(" xxxxxx ")

    對于生物信息學常用的包，可以使用：BiocManager::install(“xxxx”)函數進行安裝

  • 加載包 library( xxxxx )

  • 查看包的幫助文檔help(“xxxxx”) 或?xxxxx

# 生物信息學分析必備的一些R包，復制以下代碼，直接運行即可；
rm(list = ls())
# 設置鏡像：
options()$repos
options()$BioC_mirror
#options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
options(BioC_mirror="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/")
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
options()$repos
options()$BioC_mirror# 方法一：
options()$repos
install.packages('WGCNA')
install.packages(c("FactoMineR", "factoextra"))
install.packages(c("ggplot2", "pheatmap","ggpubr"))
library("FactoMineR")
library("factoextra")# 方法二：
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("KEGG.db",ask = F,update = F)
BiocManager::install(c("GSEABase","GSVA","clusterProfiler" ),ask = F,update = F)
BiocManager::install(c("GEOquery","limma","impute" ),ask = F,update = F)
BiocManager::install(c("org.Hs.eg.db","hgu133plus2.db" ),ask = F,update = F)# 方法三：從github中安裝# 所有的R包都提交上傳到CRAN，如Github，需要通過一定的渠道進行安裝
# R安裝devtools包
install.packages("devtools")
library(devtools)
# 安裝github上的R包（需翻墻或改hosts）
devtools::install_github('lchiffon/REmap')
# 前為github的用戶名，后為包名# 測試--加載R包；
library(REmap)
library(GSEABase)
library(GSVA)
library(clusterProfiler)
library(ggplot2)
library(ggpubr)
library(hgu133plus2.db)
library(limma)
library(org.Hs.eg.db)
library(pheatmap)

• 獲取當前工作區間getwd()

• 更改工作區間setwd( “xxxxxx”)

• 清除當前對象rm(xx)