LightDock: a new multi-scale approach to protein–protein docking

The LightDock server is free and open to all users and there is no login requirement

server

1示例

故去除約束 next step

結果有正有負合理

2.常見警告?

Structure contains HETATM entries. Please remove them or rename to HETATM if possible.

蛋白pdb文件刪除雜原子 HETATM；保留或去除水分子

Error reading provided PDB structure

計算化學公社 - 高水平計算化學、理論化學交流論壇

結果：

Run: 1AZP

Run: 6K4J-1AZP_B

liunx

上傳原始文件

Protonation 質子化

在生物化學和分子生物學中，質子化通常指的是分子或原子團接受一個質子（H+）的過程，這在蛋白質的結構和功能中尤為重要。

Protein

reduce -Trim 1AZP_A.pdb > 1AZP_A_noh.pdb
reduce -BUILD 1AZP_A_noh.pdb > 1AZP_A_h.pdb

?DNA

reduce -Trim 1AZP_B.pdb > 1AZP_B_noh.pdb
reduce -BUILD 1AZP_B_noh.pdb > 1AZP_B_h.pdb

1.上傳文件reduce_to_amber

python reduce_to_amber.py 1AZP_B_h.pdb dna.pdb

3.Atom not found in mapping: HO3' ?14.044 ?-6.401 -11.426
? ?Atom not found in mapping: HO3' -11.299 ?10.225 ?-9.235

Setup

上傳文件?restraints.list

lightdock3_setup.py protein.pdb dna.pdb -anm -rst restraints.list

Simulation

上傳文件 setup.json?

lightdock3.py setup.json 100 -s dna -c 8

上傳analyze.sh

./analyze.sh

理查森實驗室

LightDock Server

RCSB PDB - 6K4J: Crystal Structure of the the CD9

計算化學公社 - 高水平計算化學、理論化學交流論壇