TMHMM2.0-蛋白跨膜螺旋預測工具-centos-安裝+配置+排錯

參考：
A. Krogh, B. Larsson, G. von Heijne, and E. L. L. Sonnhammer.
Predicting transmembrane protein topology with a hidden Markov model: Application to complete genomes.
Journal of Molecular Biology, 305(3):567-580, January 2001.

centos（龍蜥）安裝ImageMagick的相關依賴和支持庫-CSDN博客
https://blog.csdn.net/zhangjing_angry/article/details/130155765

安裝

官方要求已安裝Perl 5.x，實際不止這個，還要安裝：

gnuplot
gnuplot是畫圖用，如果不需要畫圖可以不安裝，或者修改配置（后面會寫）。
```
yum install gnuplot
```
測試：
```
gnuplot --version
```
convert命令
bin/tmhmm.pl第203行調用系統命令convert（同樣也是跟畫圖相關的）。該命令來自ImageMagick包，如果沒裝需要安裝：
```
yum install ImageMagick
yum install ImageMagick-devel
```
檢查：
```
convert -v
```
如果yum提示找不到ImageMagick，則可以配置yum源，即安裝EPEL源：
```
yum install https://dl.fedoraproject.org/pub/epel/epel-release-latest-8.noarch.rpm
```

配置

這個配置分兩塊，一部分是基礎配置，一部分是“升級”配置。前者來自官方說明，后者是我使用時用過的。

基礎配置

perl的位置
如果perl的路徑不是/usr/local/bin/perl，則需要修改bin/tmhmm和bin/tmhmmformat.pl的第一行。首先找到perl的位置：
```
(base) [root@localhost bin]# whereis perl
perl: /usr/bin/perl /usr/share/man/man1/perl.1.gz
```
所以修改這兩個文件的第一行為：
配置opt_basedir
這個在 bin/tmhmm的33行左右，修改為tmhmm2.0的根目錄即可。
配置gnuplot
這個在bin/tmhmmformat.pl11行左右，修改為真實的gnuplot的位置即可。

升級配置

有時候只想要計算數據，不需要獲取圖像，就可以修改bin/tmhmm的繪圖參數，從1改到0即可。那么此時是不用安裝與繪圖相關的工具包的。
在這里插入圖片描述

本文來自互聯網用戶投稿，該文觀點僅代表作者本人，不代表本站立場。本站僅提供信息存儲空間服務，不擁有所有權，不承擔相關法律責任。
如若轉載，請注明出處：http://www.pswp.cn/bicheng/73732.shtml
繁體地址，請注明出處：http://hk.pswp.cn/bicheng/73732.shtml
英文地址，請注明出處：http://en.pswp.cn/bicheng/73732.shtml

如若內容造成侵權/違法違規/事實不符，請聯系多彩編程網進行投訴反饋email:809451989@qq.com，一經查實，立即刪除！