1. 下載和安裝 Foldseek

如果只是單個蛋白質結構的序列比對，我們只需要用Foldseek 的網站服務 https://search.foldseek.com/search 上傳我們的蛋白質結構并選擇想要進行比對的數據庫即可，這里不做重點講解。做生物信息學研究，我們難免需要批量對多個目標蛋白進行大規模結構比對，這需要我們下載安裝本地版軟件。Foldseek 有Linux 和 MacOS 二個版本的本地軟件 （這邊墻裂建議還在用 windows 的小伙伴搞個 Linux 或者 mac，這樣做生物信息才更得心應手）。主要的安裝途徑如下：

# Linux AVX2 build (check using: cat /proc/cpuinfo | grep avx2)wget https://mmseqs.com/foldseek/foldseek-linux avx2.tar.gz; tar xvzf foldseek-linux-avx2.tar.gz; export PATH=$(pwd)/foldseek/bin/:$PATH# Linux SSE2 build (check using: cat /proc/cpuinfo | grep sse2)wget https://mmseqs.com/foldseek/foldseek-linux-sse2.tar.gz; tar xvzf foldseek-linux-sse2.tar.gz; export PATH=$(pwd)/foldseek/bin/:$PATH# Linux ARM64 buildwget https://mmseqs.com/foldseek/foldseek-linux-arm64.tar.gz; tar xvzf foldseek-linux-arm64.tar.gz; export PATH=$(pwd)/foldseek/bin/:$PATH# MacOSwget https://mmseqs.com/foldseek/foldseek-osx-universal.tar.gz; tar xvzf foldseek-osx-universal.tar.gz; export PATH=$(pwd)/foldseek/bin/:$PATH# Conda installer (Linux and macOS)conda?install?-c?conda-forge?-c?bioconda?foldseek

下載完了軟件之后，并不需要特別的安裝，只需要把 ./foldseek/bin 添加到工作路徑就可以直接調用 foldseek.