李升偉 整理
Galaxy 是一個基于 Web 的生物信息學平臺，提供了直觀的用戶界面和豐富的工具，幫助用戶創建和管理生物信息學工作流。以下是使用 Galaxy 創建生物信息學工作流的主要步驟：
1. 訪問 Galaxy 平臺
打開 Galaxy 的官方網站（如 usegalaxy.cn或 usegalaxy.org）。
注冊或登錄賬戶，以便保存工作流和分析結果。
2. 上傳數據
在 Galaxy 界面中，點擊“上傳數據”按鈕，將本地數據文件（如 FASTQ、BAM、VCF 等）上傳到平臺。
支持多種數據格式，Galaxy 會自動檢測文件類型并提示用戶確認。
3. 選擇工具
在左側工具面板中，搜索并選擇需要的生物信息學工具（如序列比對、變異檢測、數據可視化等）。
每個工具都有詳細的說明和參數設置選項，用戶可以根據需求調整參數。
4. 運行工具并生成結果
將上傳的數據作為輸入，運行選定的工具。
Galaxy 會顯示任務的運行狀態，并在完成后生成結果文件（如比對結果、統計圖表等）。
5. 創建工作流
在工具運行完成后，點擊“工作流”菜單，選擇“從歷史記錄創建工作流”。
Galaxy 會自動將已運行的工具和參數組合成一個工作流，用戶可以在工作流編輯器中進一步調整步驟順序和參數。
6. 保存和共享工作流
保存工作流以便后續使用。Galaxy 支持將工作流導出為文件（如 .ga 格式），方便在其他 Galaxy 實例中導入。
用戶還可以將工作流共享給其他研究人員，或發布到公共工作流庫中。
7. 運行工作流
在“工作流”頁面中，選擇已創建的工作流并運行。
用戶可以為工作流提供新的輸入數據，Galaxy 會自動按照預設的步驟和參數執行分析。
8. 查看和分析結果
工作流運行完成后，結果文件會顯示在“歷史記錄”中。
用戶可以使用 Galaxy 內置的可視化工具（如 Circos 圖表、統計圖表等）查看和分析結果。
9. 優化和擴展工作流
根據分析需求，用戶可以在工作流中添加新的工具或調整參數。
Galaxy 支持與 Docker 等容器技術集成，方便用戶擴展工具和環境。
示例：使用 Galaxy 繪制 Circos 圖
上傳基因組數據（如染色體坐標、變異數據等）。
選擇“Circos”工具，設置參數（如軌道類型、顏色等）。
運行工具并生成 Circos 圖。
將工具保存為工作流，以便后續復用。
總結
Galaxy 提供了一個用戶友好的平臺，幫助研究人員輕松創建、管理和共享生物信息學工作流。通過結合豐富的工具和可視化功能，Galaxy 能夠顯著提高數據分析的效率和可重復性。
（來自deepseek問答。）
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