1、準備工作:
License下載鏈接:http://www.sentieon.com/eula/b703e839c8c7c5b8fa73238277fd5da23a0276be54712edb46ee8f4d4f3d873fbf
軟件下載地址:
https://insvast-download.oss-cn-shanghai.aliyuncs.com/Sentieon/release/sentieon-genomics-202308.03.tar.gz
測試數據Quick_start:
https://sentieon-application2.oss-cn-hongkong.aliyuncs.com/others/sentieon_quickstart.tar.gz
2、檢查License是否可用:
<SENTIEON_DIR>為軟件sentieon-genomics-202308.03.tar.gz的解壓地址;
<LICENSE_FILE>為License下載后解壓地址。
根據以上下載解壓后使用如下命令啟動License server:
<SENTIEON_DIR>/bin/sentieon licsrvr --start --log licsrvr.log <LICENSE_FILE>
在當前目錄下生成licsrvr.log,檢查日志文件是否有錯誤,無誤后進行下一步。
3、修改主腳本sentieon_quickstart.sh
軟件路徑修改:SENTIEON_INSTALL_DIR=<SENTIEON_DIR>
內存分配修改:export LD_RELOAD=<libjemalloc.so.2>
<libjemalloc.so.2>是一個內存分配器,在不同的Linux系統中有不同的位置,在進行修改前可進入目錄查看是否存在,若不存在,需要進行安裝jemalloc,對于不同的操作系統,不同的安裝命令如下:
對于不同的操作系統,安裝命令如下:
?RHEL/CentOS 8.x:
yum install epel-release
yum install jemalloc
默認安裝在 /usr/lib64/libjemalloc.so.2
?RHEL/CentOS 7.x:
yum install epel-release
yum install jemalloc
默認安裝在 /usr/lib64/libjemalloc.so.1
?Ubuntu 20.04 & 22.04:
apt update
apt install libjemalloc2
默認安裝在 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libjemalloc.so.2
?Ubuntu 18.04:
apt update
apt install libjemalloc1
默認安裝在 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libjemalloc.so.1
若對于沒有預構建軟件包的其他系統,請參考jemalloc GitHub頁面 (https://github.com/jemalloc/jemalloc) 以獲取有關如何構建和安裝jemalloc的更多信息。
為方便使用,可在環境變量中在加載jemalloc庫到Sentieon中:
###永久添加
vi ~/.bashrc #進入環境變量
export LD_PRELOAD=/usr/lib64/libjemalloc.so.2 #添加環境變量代碼,具體路徑可根據相應位置修改,保存后退出
source ~/.bashrc
以上需要對Linux較為熟悉,如后續報錯可自行修改。
否則建議在主腳本sentieon_quickstart.sh中,添加以下命令;
例如,在CentOS 8.x系統上,在運行Sentieon工具之前,您可以使用以下命令設置環境變量:
vi sentieon_quickstart.sh ##編輯腳本
export LD_PRELOAD=/usr/lib64/libjemalloc.so.2 修改對應位置的路徑,保存后退出
4、運行sentieon_quickstart.sh
nohup sh sentieon_quickstart.sh & #查看日志文件nohup.out和result/run.log,結果文件全在result目錄下。