Sentieon應用教程:本地使用-Quick_start

1、準備工作:

License下載鏈接:http://www.sentieon.com/eula/b703e839c8c7c5b8fa73238277fd5da23a0276be54712edb46ee8f4d4f3d873fbf
軟件下載地址:
https://insvast-download.oss-cn-shanghai.aliyuncs.com/Sentieon/release/sentieon-genomics-202308.03.tar.gz
測試數據Quick_start:
https://sentieon-application2.oss-cn-hongkong.aliyuncs.com/others/sentieon_quickstart.tar.gz

2、檢查License是否可用:

<SENTIEON_DIR>為軟件sentieon-genomics-202308.03.tar.gz的解壓地址;
<LICENSE_FILE>為License下載后解壓地址。
根據以上下載解壓后使用如下命令啟動License server:
<SENTIEON_DIR>/bin/sentieon licsrvr --start --log licsrvr.log <LICENSE_FILE>
在當前目錄下生成licsrvr.log,檢查日志文件是否有錯誤,無誤后進行下一步。

3、修改主腳本sentieon_quickstart.sh

軟件路徑修改:SENTIEON_INSTALL_DIR=<SENTIEON_DIR>
內存分配修改:export LD_RELOAD=<libjemalloc.so.2>
<libjemalloc.so.2>是一個內存分配器,在不同的Linux系統中有不同的位置,在進行修改前可進入目錄查看是否存在,若不存在,需要進行安裝jemalloc,對于不同的操作系統,不同的安裝命令如下:
對于不同的操作系統,安裝命令如下:
?RHEL/CentOS 8.x:

yum install epel-release
yum install jemalloc

默認安裝在 /usr/lib64/libjemalloc.so.2
?RHEL/CentOS 7.x:

yum install epel-release
yum install jemalloc

默認安裝在 /usr/lib64/libjemalloc.so.1
?Ubuntu 20.04 & 22.04:

apt update
apt install libjemalloc2

默認安裝在 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libjemalloc.so.2
?Ubuntu 18.04:

apt update
apt install libjemalloc1

默認安裝在 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libjemalloc.so.1
若對于沒有預構建軟件包的其他系統,請參考jemalloc GitHub頁面 (https://github.com/jemalloc/jemalloc) 以獲取有關如何構建和安裝jemalloc的更多信息。
為方便使用,可在環境變量中在加載jemalloc庫到Sentieon中:

###永久添加
vi ~/.bashrc #進入環境變量
export LD_PRELOAD=/usr/lib64/libjemalloc.so.2 #添加環境變量代碼,具體路徑可根據相應位置修改,保存后退出
source ~/.bashrc

以上需要對Linux較為熟悉,如后續報錯可自行修改。
否則建議在主腳本sentieon_quickstart.sh中,添加以下命令;
例如,在CentOS 8.x系統上,在運行Sentieon工具之前,您可以使用以下命令設置環境變量:

vi sentieon_quickstart.sh ##編輯腳本
export LD_PRELOAD=/usr/lib64/libjemalloc.so.2 修改對應位置的路徑,保存后退出

4、運行sentieon_quickstart.sh

nohup sh sentieon_quickstart.sh & #查看日志文件nohup.out和result/run.log,結果文件全在result目錄下。

本文來自互聯網用戶投稿,該文觀點僅代表作者本人,不代表本站立場。本站僅提供信息存儲空間服務,不擁有所有權,不承擔相關法律責任。
如若轉載,請注明出處:http://www.pswp.cn/web/44138.shtml
繁體地址,請注明出處:http://hk.pswp.cn/web/44138.shtml
英文地址,請注明出處:http://en.pswp.cn/web/44138.shtml

如若內容造成侵權/違法違規/事實不符,請聯系多彩編程網進行投訴反饋email:809451989@qq.com,一經查實,立即刪除!

相關文章

11-《風信子》

風信子 風信子&#xff08;學名&#xff1a;Hyacinthus orientalis L.&#xff09;&#xff1a;是多年草本球根類植物&#xff0c;鱗莖卵形&#xff0c;有膜質外皮&#xff0c;皮膜顏色與花色成正相關&#xff0c;未開花時形如大蒜&#xff0c;原產地中海沿岸及小亞細亞一帶&am…

【Vue】vue-element-admin組件化功能

1. 組件的封裝 在vue-element-admin中&#xff0c;每個功能區域或UI元素都被封裝成一個或多個Vue組件。這些組件可以是簡單的按鈕、輸入框&#xff0c;也可以是復雜的表格、表單或頁面布局。每個組件都包含了其模板&#xff08;HTML結構&#xff09;、邏輯&#xff08;JavaScr…

【論文精讀】Exploring the Causality of End-to-End Autonomous Driving

背景信息 團隊&#xff1a;百度 代碼&#xff1a;https://github.com/bdvisl/DriveInsight 論文思想簡述&#xff1a;這篇論文并不是提出SOTA模型&#xff0c;而是提出了一些評估模型的方法。 目前已有的分析方法 大語言模型。VAQ來提供解釋性&#xff0c;比如DriveVLM&…

C++基礎(二)

目錄 1.類和對象 1.1類的定義 1.2訪問限定符 1.3類域 2.實例化 2.1實例化概念 2.2對象大小 3.this指針 4.類的默認成員函數 4.1構造函數 4.2析構函數 4.5運算符重載 1.類和對象 1.1類的定義 類的定義格式 class為定義類的關鍵字&#xff0c;Stack為類的名字&…

7月11日學習打卡,數據結構棧

大家好呀&#xff0c;本博客目的在于記錄暑假學習打卡&#xff0c;后續會整理成一個專欄&#xff0c;主要打算在暑假學習完數據結構&#xff0c;因此會發一些相關的數據結構實現的博客和一些刷的題&#xff0c;個人學習使用&#xff0c;也希望大家多多支持&#xff0c;有不足之…

dataX入門

下載dataX https://datax-opensource.oss-cn-hangzhou.aliyuncs.com/202308/datax.tar.gz 然后 下載后解壓至本地某個目錄&#xff0c;進入bin目錄&#xff0c;即可運行同步作業&#xff1a; $ cd {YOUR_DATAX_HOME}/bin $ python datax.py {YOUR_JOB.json} 要求你有python…

vue-grid-layout詳解

vue-grid-layout 教程 vue-grid-layout 是一個用于 Vue.js 的響應式拖放網格布局組件&#xff0c;允許開發者創建可調整大小、可拖放的布局&#xff0c;廣泛用于儀表板、管理面板等復雜布局需求。本教程將介紹如何安裝、配置和使用 vue-grid-layout。 目錄 安裝基本使用 布局…

怎樣在 C 語言中進行類型轉換?

&#x1f345;關注博主&#x1f397;? 帶你暢游技術世界&#xff0c;不錯過每一次成長機會&#xff01; &#x1f4d9;C 語言百萬年薪修煉課程 通俗易懂&#xff0c;深入淺出&#xff0c;匠心打磨&#xff0c;死磕細節&#xff0c;6年迭代&#xff0c;看過的人都說好。 文章目…

暑假自律日記九

7.10 &#xff08;半小時日記打卡之——暑假第九天&#xff09; 前言&#xff1a;或許是累了&#xff0c;今天的效率和進度可以說是歷史最低了&#xff0c;調休了一天&#xff0c;算是歇會 日程 八點二十起床&#xff0c;在床上賴了一會 九點二十抵達逸夫樓&#xff0c;開始補…

kafka發送消息流程

配置props.put(ProducerConfig.PARTITIONER_CLASS_CONFIG, RoundRobinPartitioner.class); public Map<String,Object> producerConfigs(){Map<String,Object> props new HashMap<>();props.put(ProducerConfig.BOOTSTRAP_SERVERS_CONFIG,bootstrapServers…

Spring Boot中的安全配置與實現

Spring Boot中的安全配置與實現 大家好&#xff0c;我是免費搭建查券返利機器人省錢賺傭金就用微賺淘客系統3.0的小編&#xff0c;也是冬天不穿秋褲&#xff0c;天冷也要風度的程序猿&#xff01;今天我們將深入探討Spring Boot中的安全配置與實現&#xff0c;看看如何保護你的…

在表格中把tab換成enter鍵------ivx

為了方便用戶輸入&#xff0c;把tab鍵替換成enter回車 方法如下&#xff1a; 添加一個fx函數 document.addEventListener(‘keydown’, function(event) { if (event.key ‘Enter’ && !event.shiftKey) { event.preventDefault(); var focusableElements document.q…

昇思25天打卡營-mindspore-ML- Day22-應用實踐-自然語言處理-LSTM+CRF序列標注

昇思25天打卡營-mindspore-ML- Day22-應用實踐-自然語言處理-LSTMCRF序列標注 今天學習了 LSTMCRF 序列標注方法&#xff0c;它是一種結合了循環神經網絡&#xff08;RNN&#xff09;和條件隨機場&#xff08;CRF&#xff09;的強大模型&#xff0c;用于處理序列標注問題&#…

【C++BFS】690. 員工的重要性

本文涉及知識點 CBFS算法 LeetCode690. 員工的重要性 你有一個保存員工信息的數據結構&#xff0c;它包含了員工唯一的 id &#xff0c;重要度和直系下屬的 id 。 給定一個員工數組 employees&#xff0c;其中&#xff1a; employees[i].id 是第 i 個員工的 ID。 employees[…

RabbitMQ 高級功能

RabbitMQ 是一個廣泛使用的開源消息代理&#xff0c;它支持多種消息傳遞協議&#xff0c;可以在分布式系統中用于可靠的消息傳遞。除了基本的消息隊列功能外&#xff0c;RabbitMQ 還提供了一些高級功能&#xff0c;增強了其在高可用性、擴展性和靈活性方面的能力。以下是一些主…

軟件架構之嵌入式系統設計(2)

軟件架構之嵌入式系統設計&#xff08;2&#xff09; 12.4 嵌入式網絡系統12.4.1 現場總線網12.4.2 家庭信息網11.4.3 無線數據通信網12.4.4 嵌入式 Internet 12.5 嵌入式數據庫管理系統12.5.1 使用環境的特點12.5.2 系統組成與關鍵技術 12.6 實時系統與嵌入式操作系統12.6.1 嵌…

MyBatis(38)MyBatis 如何與 Spring Boot 集成,有哪些實踐技巧

集成MyBatis與Spring Boot可以極大地提升開發效率&#xff0c;簡化配置&#xff0c;并利用Spring Boot的自動配置特性優化項目結構和性能。下面我們將詳細探討如何實現這一集成&#xff0c;并分享一些實踐技巧。 1. 添加依賴 首先&#xff0c;在pom.xml中添加MyBatis和Spring…

AI學習指南機器學習篇-聚類樹的剪枝

AI學習指南機器學習篇-聚類樹的剪枝 在機器學習領域&#xff0c;聚類是一種常用的無監督學習方法&#xff0c;通過對數據進行分組來發現數據中的結構和模式。聚類樹是一種常用的聚類算法之一&#xff0c;它通過構建一個樹狀結構來展示聚類的層次關系&#xff0c;并能夠幫助我們…

Linux 忘記root密碼,通過單用戶模式修改

銀河麒麟桌面操作系統 V10&#xff08;sp1&#xff09;”忘記用戶密碼&#xff0c;需要修改用戶密碼所寫&#xff0c;可用于 X86 架構和 arm 架構。 2. 選擇第一項&#xff0c;在上圖界面按“e”鍵進行編輯修改。 3. 在以 linux 開頭這行的行末&#xff0c;添加“init/bin/bas…

Rockchip Android平臺編譯生成userdata.img

Rockchip Android平臺編譯生成userdata.img 適用版本 本修改方法適用于Android12及以上版本 代碼修改 device/rockchip/rk3576&#xff1a; --- a/rk3576_u/BoardConfig.mkb/rk3576_u/BoardConfig.mk-28,4 28,7 PRODUCT_KERNEL_CONFIG pcie_wifi.configBOARD_GSENSOR_MXC…