在發表科研論文的過程中,科研繪圖是必不可少的,一張好看的圖形會是文章很大的加分項。
為了便于使用,本系列文章介紹的所有繪圖都已收錄到了?sciRplot?項目中,獲取方式:
R 語言科研繪圖模板 --- sciRplothttps://mp.weixin.qq.com/s/QA_8LVqjkdg4A16zLonw4w?payreadticket=HIl1u0R0gNeyNyCN_bxtK0Bl-Z2i4aXlDjgPRULk7ACBWZHgSz929NosnpisoG6PSTPIzzQ
本期繪圖預覽:
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1. 導入包
我們首先導入本期繪圖用到的 R 包:
library(igraph)
2. 準備數據
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接下來我們導入繪圖用到的數據,在?sciRplot?中給大家提供了測試數據:
data <- sciRplot_data
查看下數據格式:
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3. 準備配色
顏色的選擇往往是一件讓人特別糾結的事情,這里我們直接使用?sciRcolor?來設置配色:
colors?<- sciRcolor::pal_scircolor(37)[1:2]
V(g)$vertex.color <- ifelse(V(g)$Group ==?"A", colors[1], colors[2])
E(g)$edge.color <- ifelse(E(g)$Correlation >0, colors[1], colors[2])
sciRcolor?是為了 R 語言科研繪圖開發的配色工具,包含了 100 種常用配色,詳細信息見:
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R 語言科研配色工具 --- sciRcolorhttps://mp.weixin.qq.com/s/XZol4VxvHnJD_49ij3f2mg?payreadticket=HBOfLX7uX_FTHomAgepY7KP1c2pkFvlWXw9uc4BaHthUnSsNHWNKqbSv3wUdVAvs-hAr8dA
4. 繪制圖形
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接下來我們通過下面的代碼來繪制圖形:
layout?<- layout_with_kk(g)
plot(g, layout = layout, vertex.label.cex =?2,?
? ? ?vertex.size =?35, vertex.color = V(g)$vertex.color, ?vertex.label.color =?'white', edge.color = E(g)$edge.color)
5. 保存圖形
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最后我們保存繪制的圖形:???????
png("save/network-group.png", width =?1800, height =?1800, res=300, units = 'px')
layout?<- layout_with_kk(g)
plot(g, layout = layout, vertex.label.cex =?2,?
? ? ?vertex.size =?35, vertex.color = V(g)$vertex.color, ?vertex.label.color = 'white', edge.color = E(g)$edge.color)
dev.off()
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sciRplot 介紹
為了解決 R 語言中科研繪圖的問題,我推出了?sciRplot?項目。sciRplot?項目包含了以下內容:
①?100?種繪圖代碼,按照圖形類型進行分類,包含?60?種基礎繪圖和?40?種進階繪圖
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② 配備一站式?html文檔,包含測試數據,代碼一鍵復制,交互式閱讀提高用戶體驗
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