R 語言科研繪圖第 52 期 --- 網絡圖-分組

在發表科研論文的過程中,科研繪圖是必不可少的,一張好看的圖形會是文章很大的加分項。

為了便于使用,本系列文章介紹的所有繪圖都已收錄到了?sciRplot?項目中,獲取方式:

R 語言科研繪圖模板 --- sciRplot https://mp.weixin.qq.com/s/QA_8LVqjkdg4A16zLonw4w?payreadticket=HIl1u0R0gNeyNyCN_bxtK0Bl-Z2i4aXlDjgPRULk7ACBWZHgSz929NosnpisoG6PSTPIzzQ

本期繪圖預覽:

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1. 導入包

我們首先導入本期繪圖用到的 R 包:

library(igraph)

2. 準備數據

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接下來我們導入繪圖用到的數據,在?sciRplot?中給大家提供了測試數據:

data <- sciRplot_data

查看下數據格式:

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3. 準備配色

顏色的選擇往往是一件讓人特別糾結的事情,這里我們直接使用?sciRcolor?來設置配色:

colors?<- sciRcolor::pal_scircolor(37)[1:2]V(g)$vertex.color <- ifelse(V(g)$Group ==?"A", colors[1], colors[2])E(g)$edge.color <- ifelse(E(g)$Correlation >0, colors[1], colors[2])

sciRcolor?是為了 R 語言科研繪圖開發的配色工具,包含了 100 種常用配色,詳細信息見:

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R 語言科研配色工具 --- sciRcolor https://mp.weixin.qq.com/s/XZol4VxvHnJD_49ij3f2mg?payreadticket=HBOfLX7uX_FTHomAgepY7KP1c2pkFvlWXw9uc4BaHthUnSsNHWNKqbSv3wUdVAvs-hAr8dA

4. 繪制圖形

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接下來我們通過下面的代碼來繪制圖形:

layout?<- layout_with_kk(g)plot(g, layout = layout, vertex.label.cex =?2,?? ? ?vertex.size =?35, vertex.color = V(g)$vertex.color, ?vertex.label.color =?'white', edge.color = E(g)$edge.color)

5. 保存圖形

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最后我們保存繪制的圖形:???????

png("save/network-group.png", width =?1800, height =?1800, res=300, units = 'px')layout?<- layout_with_kk(g)plot(g, layout = layout, vertex.label.cex =?2,?? ? ?vertex.size =?35, vertex.color = V(g)$vertex.color, ?vertex.label.color = 'white', edge.color = E(g)$edge.color)dev.off()

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sciRplot 介紹

為了解決 R 語言中科研繪圖的問題,我推出了?sciRplot?項目。sciRplot?項目包含了以下內容:

①?100?種繪圖代碼,按照圖形類型進行分類,包含?60?種基礎繪圖和?40?種進階繪圖

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② 配備一站式?html文檔,包含測試數據,代碼一鍵復制交互式閱讀提高用戶體驗

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