蛋白分析工具和數據庫

UniProt(Universal Protein Resource)是一個綜合性的蛋白質數據庫,提供了全球范圍內已知的蛋白質序列和功能信息。其中,UniProtKB(UniProt Knowledgebase)是最核心的組成部分,包含了經過注釋和分類的蛋白質序列和功能信息。它提供了詳細的蛋白質注釋,包括序列特征、結構域、功能、亞細胞定位、酶活性等。

UniProtKB分為三個子數據庫:UniProtKB/Swiss-Prot、UniProtKB/TrEMBL和UniProtKB/PIR。其中,UniProtKB/Swiss-Prot是手工注釋的高質量蛋白質數據庫,提供了豐富的注釋信息;UniProtKB/TrEMBL是通過自動注釋和預測獲得的蛋白質數據庫,注釋水平相對較低;UniProtKB/PIR是由Protein Information Resource(PIR)提供的蛋白質數據庫。

工具鏈接:

https://www.uniprot.org/

此外,使用UniProt進行亞細胞定位預測的方法很簡單,除了直接通過關鍵詞(如蛋白id、基因名等)查詢蛋白信息之外,也可以使用蛋白序列,通過BLAST(如下)的方式找到對應蛋白的信息。

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