iPHoP：病毒宿主預測-CSDN博客

之前介紹了這個方法來預測病毒宿主，今天來介紹另一種比較用的多的方法CRISPR比對

CRISPR spacers數據庫

Dash?在這可以下載作者搜集的spacers用于后期比對

CRT和PILER-CR

?使用 CRT 和 PILERCR 識別 CRISPR 間隔區，合并冗余 CRISPR 陣列，并格式化輸出

用的是別人寫好的代碼（好用就行，這兩軟件太老了，別人幫忙下好，配置好了）

Metagenomic compendium of 189,680 DNA viruses from the human gut microbiome | Nature Microbiology

?MGV/crispr_spacers at master · snayfach/MGV · GitHub

#運行
software="/home/zhongpei/hard_disk_sda2/zhongpei/Software/MGV/crispr_spacers"
out_dir="/home/zhongpei/hard_disk_sda2/zhongpei/database/SPACER_rumen_MAGs"
gunzip -k *
dir_name=$(basename $(pwd))
mkdir ${out_dir}/${dir_name}
for i in *.fa
donum=${i%%.fa}dir=$(pwd)cd ${software}identify_crispr.py -i ${dir}/${num}.fa -o ${out_dir}/${dir_name}/${num}_spacermerge_crispr.py ${out_dir}/${dir_name}/${num}_spacer/crt ${out_dir}/${dir_name}/${num}_spacer/pilercr ${out_dir}/${dir_name}/${num}_spacer/mergedcd ${dir}
done
rm *.fa

spacers比對

我們現在有了兩組spacers，一組是NAR文章整理的，一組是宿主MAG提取的。

使用Blastn進行比對（viral contigs和spacers）

參考文獻的Viral host prediction部分：A metagenomic catalog of the early-life human gut virome | Nature Communications

blastn -query ${fa}/fetal_5.0_95.fa -db ${database} -evalue 0.0000001 -gapopen 10 -gapextend 2 -reward 1 -penalty -1 -word_size 5 -perc_identity 100 -max_target_seqs 10000 -out ${out}/fetal_vOTU_spacerDB.txt -outfmt 6 -num_threads 150