輸入文件詳解
PLINK主要使用以下三種文件格式：
- .ped文件：文本文件，列出所有樣本的基因型數據。每行代表一個樣本，包含個體和家系信息，以及其對應的基因型數據。
- .map文件：文本文件，與.ped文件配合使用，列出了基因型數據中所有SNP的位置信息。每行代表一個SNP，包含染色體號、標記名、遺傳距離和物理位置。
- .bed、.bim、.fam文件：這是PLINK的二進制文件格式，功能類似于.ped和.map文件，但大小更小，讀寫速度更快。
- .bed文件存儲基因型數據。
- .bim文件存儲SNP信息。
- .fam文件存儲樣本家系信息。
計算命令
plink --bfile [輸入文件的基本名] --r2 --ld-window-kb 500 --ld-window 99999 --ld-window-r2 0 --out 
)