openfoam安裝中出現allmake error_如何更新OpenFOAM的版本？

這是協作翻譯的第四章，翻譯完感覺挺有意思的，分享給大家一起看看。

4.更新OpenFOAM版本

4.1 版本管理

OpenFOAM以兩種不同的方式分發。一種方式是使用Git倉庫下載的倉庫版本。倉庫版本的版本號由附加的x標記，例如 OpenFOAM2.1.x。該版本會經常更新，并在某種程度上是開發版本。這個版本的更改和更新發布很快，但是，此版本中出現錯誤的可能性也更大。由于此發行版經常更新，因此在一個系統上安裝的2.1.x版本的內容和另一個系統上安裝的2.1.x版本可能會不同。因此，每個安裝都有附加的信息來標記不同版本的OpenFOAM。版本號隨附一個哈希碼，以唯一地標識倉庫版本的各個內部版本，請參見列表9。每當更新并重新編譯OpenFOAM時，此哈希碼都會更改。如果內部版本相同，則兩個OpenFOAM安裝處于相同級別。

Build : 2.1. x -9 d344f6ac6af

列表 9: 倉庫版本的完整版本標識

除了倉庫版之外，還有軟件包版本。與倉庫版本相比，這些更新的間隔時間更長。軟件包發行版的版本號不包含x，例如OpenFOAM 2.1.1。與倉庫版相反，所有相同版本號的安裝都是相同的。由于發行周期較長，因此認為發行包不太容易出現軟件錯誤。

這些軟件版本有幾種不同的類型。這些是針對廣泛使用的Linux發行版(Ubuntu，SuSE和Fedora)的預編譯軟件包，也是一個源碼包。可以將源代碼包安裝在可編譯源代碼的任何系統上(通常是運行Linux的各種計算機，例如高性能計算集群，甚至運行其他操作系統的計算機)。例如Mac OSX甚至是Windows).

4.2 檢查更新

如果從倉庫版本安裝了OpenFOAM，則更新非常簡單。要更新OpenFOAM時，只需使用Git來檢查是否有更新的源文件。在終端中切換到OpenFOAM安裝的根目錄，然后執行git pull。

如果倉庫中有較新的文件，Git會下載它們并顯示已更改文件的摘要。如列表10所示。

user@host :～$ cd $FOAM_INST_DIR
user@host :～/ OpenFOAM$ cd OpenFOAM -2.1. x
user@host :～/ OpenFOAM / OpenFOAM -2.1. x$ git pull
remote : Counting objects : 67 , done .
remote : Compressing objects : 100% (13/13) , done .
remote : Total 44 ( delta 32) , reused 43 ( delta 31)
Unpacking objects : 100% (44/44) , done .
From git :// github . com / OpenFOAM / OpenFOAM -2.1. x
72 f00f7 ..21 ed37f master -> origin / master
Updating 72 f00f7 ..21 ed37f
Fast - forward
.../ extrude / extrudeToRegionMesh / createShellMesh .C | 10 +-
.../ extrude / extrudeToRegionMesh / createShellMesh .H | 7 +-
.../ extrudeToRegionMesh / extrudeToRegionMesh .C | 157 ++++++++ - - - - -
.../ Templates / KinematicCloud / KinematicCloud .H | 6 +-
.../ Templates / KinematicCloud / KinematicCloudI .H | 7 +
.../ baseClasses / kinematicCloud / kinematicCloud . H | 47 ++++++ -
6 files changed , 193 insertions (+) , 41 deletions ( -)

列表 10: 有可用的更新

如果OpenFOAM是最新的，則Git也將輸出相應的消息，如列表11：

user@host :～/ OpenFOAM / OpenFOAM -2.1. x$ git pull
Already up -to - date .

列表 11: OpenFOAM是最新的

4.3 僅檢查更新

如果您只想檢查更新而沒有實際進行更新，則可以使用特殊選項來調用Git(請參見列表12和13)。在這種情況下，Git僅檢查倉庫并顯示其發現的結果，而不會實際進行任何更改。負責此操作的選項是--dry-run。注意，這里調用了git fetch而不是git pull。git pull調用git fetch下載遠程文件，然后調用git merge將檢索到的文件與本地文件合并。因此，檢查更新實際上是通過git fetch完成的。

user@host :～$ cd OpenFOAM / OpenFOAM -2.0. x/
user@host :～/ OpenFOAM / OpenFOAM -2.0. x$ git fetch --dry - run -v
remote : Counting objects : 189 , done .
remote : Compressing objects : 100% (57/57) , done .
remote : Total 120 ( delta 89) , reused 93 ( delta 62)
Receiving objects : 100% (120/120) , 17.05 KiB , done .
Resolving deltas : 100% (89/89) , completed with 56 local objects .
From git :// github . com / OpenFOAM / OpenFOAM -2.0. x
5 ae2802 ..97 cf67d master -> origin / master
user@host :～/ OpenFOAM / OpenFOAM -2.0. x$

列表 12: 僅檢查更新–可用更新

user@host :～$ cd OpenFOAM / OpenFOAM -2.1. x/
user@host :～/ OpenFOAM / OpenFOAM -2.1. x$ git fetch --dry - run -v
From git :// github . com / OpenFOAM / OpenFOAM -2.1. x
= [ up to date ] master -> origin / master
user@host :～/ OpenFOAM / OpenFOAM -2.1. x$

列表 13: 僅檢查更新–最新

4.4 安裝更新

在通過git pull下載更新后，需要編譯更改的源文件才能更新可執行文件。這與安裝OpenFOAM時所執行的方法相同。只需調用./Allwmake進行編譯。該腳本可以識別更改，因此不會再次編譯未更改的文件。因此，更新后進行編譯所需的時間少于安裝OpenFOAM時所需的時間。

4.4.1 工作流程

清單14顯示了更新現有OpenFOAM安裝所需的命令。但這僅適用于倉庫版本(例如OpenFOAM-2.1.x)的更新。點版本(OpenFOAM的版本號中沒有x)的更新方式與倉庫版本的更新方式不同。為簡單起見，可以將Point Release(OpenFOAM-2.1.0→OpenFOAM-2.1.1)的更新視為全新安裝，請參見第3.6節。

將清單14中的前兩個命令更改為OpenFOAM安裝目錄。然后，通過調用git pull下載最新的源文件。

wclean all這一句可以省略。但是，如果編譯以某些錯誤結束，則此命令通常可以解決問題，請參見第4.5.2節。最后一條語句會編譯源文件。如果以前未調用wclean all，則僅編譯發生更改的文件。如果調用了wclean all，則將編譯所有內容。這可能將花費更長的時間。

如果有足夠的時間進行更新(例如整夜)，則應在編譯之前調用wclean all。在大多數情況下，這將確保更新源的成功編譯。

cd $FOAM_INST_DIR
cd OpenFOAM -2.1. x
git pull
wclean all (可以省略)
./ Allwmake

列表 14: 更新現有的OpenFOAM安裝的完整的工作流程

4.4.2 問題排查

如果編譯報告了一些錯誤，則再次調用./Allwmake會很有幫助。這大大減少了成功操作的輸出(譯者注：成功編譯的源文件將不再顯示，只會在出錯的位置顯示錯誤信息)，因此更容易找到編譯器的實際錯誤消息。

4.5 更新問題

4.5.1 缺少安裝包

如果對操作系統進行了升級，則可能會發生確實安裝包的情況，這意味著在更新過程中已刪除了一些相關的軟件包(例如，如果需要這些軟件包來編譯OpenFOAM，但操作系統“認為”這些軟件包不是必需的)。因此，如果在操作系統升級后重新編譯OpenFOAM失敗，則可能是缺少軟件包的原因。

4.5.2 庫的更新

庫更新后，必須重新編譯它們。否則，求解器將調用尚未編譯的庫函數。為了避免此問題，必須重新編譯相應的庫。

wclean all

列表 15: 使用wclean準備重新編譯

一個更暴力的方式是重新編譯整個OpenFOAM，而不是重新編譯更新的庫。

4.5.3 更新的源無法編譯

在某些情況下，例如當源文件的組織發生變化時，源文件將無法立即編譯。又或者，如果有其他未知原因導致無法編譯源代碼，則可以選擇完全重新編譯OpenFOAM。盡管編譯OpenFOAM需要花費時間，但與跟蹤所有錯誤相比，這可能花費的時間更少。

要重新編譯OpenFOAM，需要重置源。有一個簡單的命令可以解決此問題，而不是刪除OpenFOAM并重新安裝。如列表16所示：

git clean - dfx

列表 16: 使用git重置源

列表16中列出的命令使Git擦除沒有跟蹤的所有文件。這意味著所有不屬于git-repository的文件都將被刪除。在這種情況下，將重置為OpenFOAM的官方git倉庫版本。git clean從當前目錄開始遞歸刪除所有不受版本控制的文件。選項-d表示還刪除了未跟蹤的文件夾。

執行列表16中的命令后，必須按照3.3節中的說明重新編譯源。

4.5.4 自有代碼無法運行

更新您的OpenFOAM的倉庫版本會產生有趣的效果。當OpenFOAM的庫更新時，它們的實現可能會更改。即使更新的代碼與先前的代碼完全兼容，更新后的編譯庫看起來也可能不同。因此，即使更新保持了代碼的兼容性，更新也可能破壞二進制兼容性。因此，需要在基礎OpenFOAM安裝更新之后重新編譯您自己的代碼。

更新OpenFOAM之后加載丟失了二進制兼容性的庫時會導致分段錯誤。發生這種情況是因為我們自己的求解器在啟動時會動態加載所需的OpenFOAM庫，但是庫更新之后該庫某些對象的內存布局已更改了。

有關此主題的更多信息，請參見以下資源：