Linux只是一個操作系統內核而已，而GNU提供了大量的自由軟件來豐富在其之上各種應用程序。
因此，嚴格來講，Linux這個詞本身只表示Linux內核，但在實際上人們已經習慣了用Linux來形容整個基于Linux內核，并且使用GNU 工程各種工具和數據庫的操作系統。基于這些組件的Linux軟件被稱為Linux發行版。一般來講，一個Linux發行套件包含大量的軟件，比如軟件開發工具，數據庫，Web服務器（例如Apache)，X Window，桌面環境（比如GNOME和KDE），辦公套件（比如OpenOffice.org），等等。
絕大多數基于Linux內核的操作系統使用了大量的GNU軟件，包括了一個shell程序、工具、程序庫、編譯器及工具，還有許多其他程序，例如Emacs。正是由于Linux使用了許多GNU程序，GNU計劃的開創者Richard Stallman博士提議將Linux操作系統改名為GNU/Linux。但有些人只把操作系統叫做"Linux"。
有部分Linux套件，包括了Debian，采用了“GNU/Linux”的稱呼。但大多數商業Linux套件依然將操作系統稱為Linux。有些人也認為“操作系統”一詞指的應該只是系統的內核，其他程序都只能算是應用軟件，這么一來，該操作系統的內核應叫Linux，而Linux套件是在Linux內核的基礎上加入各種GNU工具。