服務器手動安裝并編譯R環境庫包:PROJ→RGDAL

目錄

  • 方式1:conda-forge安裝
    • 錯誤:缺乏libnsl.so.1
      • ? 方法一:查找系統中是否已有此庫
      • 替補方案:采用libnsl.so.3鏈接 libnsl.so.1
      • ? 方法二:系統中沒有安裝 libnsl.so.1 → 手動安裝
      • ? 方法三:使用 Conda 安裝 libnsl
  • 方式2:手動安裝
    • 🧱 步驟一:激活 Conda 環境
    • 📥 步驟二:下載并編譯 PROJ
  • 參考

CRAN-Package rgdal
在這里插入圖片描述
根據CRAN所述,rgdal庫被移除。

方式1:conda-forge安裝

conda-forge / packages / r-rgdal
在這里插入圖片描述

錯誤:缺乏libnsl.so.1

在加載rgdal庫,執行以下命令時:

installed <- installed.packages()
"rgdal" %in% rownames(installed)

報錯,遇到的問題是:

library(rgdal) 加載失敗,報錯提示缺少共享庫文件:
libnsl.so.1: cannot open shared object file: No such file or directory

在這里插入圖片描述

這是一個典型的 系統動態鏈接庫缺失(或路徑未配置)問題,但完全可以解決 ?。

🔍 問題分析

  • rgdal.so 動態庫在加載時依賴 libnsl.so.1。
  • 這是一個 系統級別的網絡庫(libnsl = “Network Services Library”)。
  • 它不屬于 R 或 rgdal 包,而是由操作系統提供,通常在 Linux 上由 glibc 系統庫安裝。

? 方法一:查找系統中是否已有此庫

在終端中運行:

find /lib /usr/lib /lib64 /usr/lib64 -name "libnsl.so*"

或者用更快的方式:

locate libnsl.so

情況 A:如果找到了 libnsl.so.1,例如路徑為:

/usr/lib64/libnsl.so.1

那么你可以創建一個軟鏈接到你的 Conda 環境中:

ln -s /usr/lib64/libnsl.so.1 ~/miniconda3/envs/r_env/lib/libnsl.so.1

確保 R 能找到這個庫時可以加載 rgdal。

替補方案:采用libnsl.so.3鏈接 libnsl.so.1

創建軟鏈接模擬 libnsl.so.1,進入 Conda 的 lib 目錄:

cd /home/wanzhou/miniconda3/envs/r_env/libln -s libnsl.so.3 libnsl.so.1

創建一個名為 libnsl.so.1 的鏈接,指向已有的 libnsl.so.3。

📌 注意事項
這種方式雖然是“繞過法”,在大多數情況下是安全的,特別是 libnsl.so.1 和 .so.3 基本兼容。
如果你要部署到生產環境,建議盡量使用與 rgdal 相匹配的系統動態庫(例如:安裝真正的 libnsl.so.1,或使用更兼容的 Conda 包構建)。

? 方法二:系統中沒有安裝 libnsl.so.1 → 手動安裝

如果你有 sudo 權限(推薦):

CentOS / RHEL:

sudo yum install libnsl

Ubuntu / Debian:

sudo apt-get install libnsl1

? 方法三:使用 Conda 安裝 libnsl

如果你 沒有 sudo 權限,可以通過 Conda 安裝 libnsl:

conda activate r_envconda install -c conda-forge libnslconda list libnsl

這會自動將 libnsl.so.1 安裝到你的 Conda 環境中,并由 Conda 管理,無需手動軟鏈接。
在這里插入圖片描述

🧪 驗證是否解決

安裝或軟鏈接完成后,在 R 中重新嘗試加載:

library(rgdal)

如果不再報 libnsl.so.1 錯誤,說明問題已解決 ?

方式2:手動安裝

cd /home/wanzhou/Packages/

🧱 步驟一:激活 Conda 環境

source ~/miniconda3/bin/activate r_env

📥 步驟二:下載并編譯 PROJ

mkdir -p ~/src && cd ~/src
wget https://download.osgeo.org/proj/proj-9.3.1.tar.gz
tar -xzf proj-9.3.1.tar.gz
cd proj-9.3.1./configure --prefix=$HOME/local
./configure --prefix=/home/wanzhou/Packages/r_local
make -j$(nproc)
make install

參考

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