在生命科學研究領域，轉錄組技術是探索基因表達奧秘的有力工具，在疾病機制探索、生物發育進程解析等諸多方面取得了顯著進展。然而，隨著研究的深入，研究人員發現普通轉錄組只能提供整體樣本中的基因表達水平信息，卻無法揭示基因在組織內的空間分布情況，更難以深入理解基因在組織微環境中的功能和相互作用。因此，基于普通轉錄組的研究很難在眾多科研成果中脫穎而出，更難以發表高水平文章。

那么，如何在現有研究基礎上，充分整合利用數據資源，突破這一瓶頸，提升文章的研究深度和檔次呢？

2023年，深圳國家基因庫與華大生命科學研究院聯合Broad研究所團隊在Nucleic Acids Research發表了題為“STOmicsDB: a comprehensive database for spatial transcriptomics data sharing, analysis and visualization”的文章，介紹了一站式空間轉錄組學數據庫STOmicsDB，有助于空間轉錄組學領域的數據存檔、共享、可視化和分析。截至2023年12月，STOmicsDB集成了17個物種128個組織共221個人工整理的數據集，涵蓋25種空間轉錄組技術。研究人員注釋了細胞類型，確定了空間區域和基因，并對這些數據集進行了細胞-細胞相互作用分析。

STOmicsDB具有用戶友好的界面，可快速可視化數百萬個細胞。為了進一步促進空間轉錄組數據的可重用性和互操作性，研究人員制定了空間轉錄組數據歸檔標準，并構建了一個空間轉錄組數據庫歸檔系統。此外，用戶還可以在STOmicsDB中定制專用子數據庫，幫助其可視化空間轉錄組分析。

該數據庫主要包含了四個模塊，分別是文獻檢索模塊、數據中心模塊、樣本信息檢索模塊、數據可視化模塊。

01 文獻檢索模塊

該模塊可以根據發表時間、研究領域、物種、組織、研究對象、算法類型和文章類型等，同時也可以根據關鍵詞直接進行文獻的快速檢索。每篇文獻都有對應的pubmed ID，想看原文也可以直接檢索，非常方便。

02 數據中心模塊

數據中心整合了228個經過手工篩選后的數據集，涵蓋了17個物種，并對這些數據集中的細胞類型做了注釋。可以根據發表時間，物種、組織以及檢測平臺技術篩選數據。

03 樣本信息檢索模塊

該模塊可以按照不同的物種、組織、發育時期、空轉技術平臺、相關的疾病類型以及數據完整性程度進行分類檢索。

04 數據可視化模塊

在數據心中模塊對于感興趣的樣本，可查看具體的可視化結果，里面還包含的細胞的注釋信息，還可以展示marker基因的熱圖等。此外，還可以做一些基本的差異基因、功能富集分析以及細胞互作分析等，在線工具也非常完善。

所以，我們可以對普轉數據充分再利用，整合公開的空間轉錄組數據庫——STOmicsDB進一步分析基因的空間轉錄特性，提升gene的重要性和文章研究深度！

數據庫鏈接

https://db.cngb.org/stomics/

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