一、生態位寬度? ? ? ??

生態位寬度指數包括shannon生態位指數和levins生態位指數。下面是采用levins方法計算生態位寬度。method也可以選擇“shannon”。

二、生態位重疊指數????????

生態位重疊指數，包括levins生態位重疊指數、schoener生態位重疊指數、petraitis生態位重疊指數、pianka生態位重疊指數、czech生態位重疊指數和morisita生態位重疊指數。

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下面代碼以計算levins指數為例：

數據準備：

輸入文件名：otu.txt，第一行為樣品的名稱，第一列為otu名稱（名稱具有唯一性），可以理解為物種的名稱。

# 加載spaa包（需提前安裝：install.packages("spaa")）
# 該包提供生態位分析和群落分析的工具
library(spaa)# 讀取OTU表格數據
# file="otu.txt"：指定輸入文件名為otu.txt
# sep="\t"：使用制表符作為分隔符
# header=T：保留第一行為列標題
# row.names=1：將第一列設為行名（通常為物種ID）
otu <- read.table(file="otu.txt", sep="\t", header = T, row.names = 1)# 計算生態位寬度（Levins指數）
# method = "levins"：使用Levins公式計算
# 結果數值范圍0-1，值越大表示物種的環境適應能力越強
niche.width <- niche.width(otu, method = "levins")# 計算生態位重疊指數（Pianka指數）
# method = "pianka"：使用Pianka公式計算
# 結果數值范圍0-1，值越大表示物種間生態位重疊度越高
niche.overlap <- niche.overlap(otu, method = "pianka")# 輸出生態位寬度結果到CSV文件
write.csv(niche.width, 'nichewidth.csv')# 輸出生態位重疊結果到CSV文件
write.csv(niche.overlap, 'niche.overlap.csv')

代碼簡化為：

library(spaa)
otu <- read.table(file="otu.txt",sep="\t", header = T,row.names = 1)
niche.width <- niche.width(otu, method = "levins")
niche.overlap <- niche.overlap(otu, method = "pianka")
write.csv(niche.width, 'nichewidth.csv')
write.csv(niche.overlap, 'niche.overlap.csv')

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PS：參考鏈接

參考1：【R語言生態位計算】 https://www.bilibili.com/video/BV18bNRegEe1/?share_source=copy_web&vd_source=e2338c063cd49188a452094eb0b6f740

參考2：https://mp.weixin.qq.com/s/9NqbGss91v-lFTA-BFQllQ

R語言 | 利用spaa計算植物生態位指數和種間聯結