Python proteinflow 庫介紹

ProteinFlow是一個開源的Python庫,旨在簡化蛋白質結構數據在深度學習應用中的預處理過程。以下是其詳細介紹:

功能

  • 數據處理:支持處理單鏈和多鏈蛋白質結構,包括二級結構特征、扭轉角等特征化選項。

  • 數據獲取:能夠從Protein Data Bank (PDB)和Structural Antibody Database (SAbDab)等資源中高效地過濾、聚類和生成新的數據集。

  • 數據加載與轉換:提供多種數據加載選項和轉換,以適應不同的下游訓練框架。

  • 預計算數據集:提供最新預計算的蛋白質結構數據集,方便用戶快速使用。

安裝

  • 使用Conda

conda install -c conda-forge -c bioconda -c adaptyvbio proteinflow
  • 使用pip

pip install proteinflow
  • 使用Docker

docker pull adaptybproteinflow

核心模塊 & 類速覽

1. proteinflow.data.ProteinEntry

蛋白質結構的

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