利用conda打包/復刻生信環境

01、寫在前面

大家拿到自己的服務器(趁開學| 入手足夠完成碩博生涯的生信環境)后可能需要安裝很多的軟件與包，Linux中許多包的安裝依賴過多、安裝復雜。而conda作為一個能夠直接安裝超過90%軟件的"管家"，能夠像Windows和手機中的應用商店那樣一鍵為你解決安裝軟件的煩惱。conda 是一個開源的軟件包管理和環境管理系統，用于簡化在不同平臺上安裝、運行和管理軟件包。該工具用于支持 Python 語言，但也能夠管理非 Python 的軟件。conda的特點介紹、安裝使用可見教程：生信軟件管家——conda的安裝、使用、卸載。

本教程基于Linux環境演示，計算資源不足的同學可參考：

足夠支持你完成碩博生涯的生信環境

忘記宣傳了，獨享用戶連技術支持都是獨享的

RTX5090、4080S、5070顯卡上機

如果你對下面的教程比較迷茫，那么你可以先行學習編程教程：

十小時學會Linux

生信Linux及服務器使用技巧

5.5h入門R語言

02、利用conda分享/復刻生信環境

大家除了能按部就班的利用conda安裝生信軟件外，還能夠通過yml文件打包/復刻生信環境(如下圖所示)，其中能夠收錄完整的配置（包括 Python 版本、所有依賴庫及其精確版本、甚至操作系統相關的依賴），通過這樣一個幾kb的文件就能直接收錄成百上千個依賴信息。這樣任何人都能在自己的電腦或服務器上快速復現與原環境完全一致的配置，徹底解決 “我這能跑，你那報錯” 的依賴沖突問題。讓環境從 “隱性經驗” 變成 “顯性文件”。

具體使用起來也很簡單，例如我這里存在一些conda虛擬環境：

大家按照這個語法即可完成環境打包與再安裝的流程：

# 激活環境：
conda activate your_env_name
# 打包環境為yml文件：
conda?env?export?> my_env.yml
# 在新機器上復刻環境：
conda?env?create -f my_env.yml

例如我現在需要用到一文學會scFAST-seq數據分析中用到的seeksoul環境，對應的代碼就是：

# 激活環境：
conda activate seeksoultools
# 打包環境為yml文件：
conda?env?export?> seeksoultools.yml
# 在新機器上復刻環境：
conda?env?create -f seeksoultools.yml

本質上是一個文本文件，打開后內容如下：

name:?/data2/analysis/xunyin/seeksoultools
channels:-?http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main-?http://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free- bioconda-?https://mirror.nju.edu.cn/anaconda/cloud/pytorch-?https://mirror.nju.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge-?https://mirror.nju.edu.cn/anaconda/pkgs/msys2-?https://mirror.nju.edu.cn/anaconda/pkgs/r-?https://mirror.nju.edu.cn/anaconda/pkgs/free-?https://mirror.nju.edu.cn/anaconda/pkgs/main- conda-forge
dependencies:- _libgcc_mutex=0.1=conda_forge- _openmp_mutex=4.5=2_gnu- _r-mutex=1.0.1=anacondar_1- alsa-lib=1.2.8=h166bdaf_0- binutils_impl_linux-64=2.40=hf600244_0- bioconductor-beachmat=2.10.0=r41hc247a5b_2- bioconductor-biobase=2.54.0=r41hc0cfd56_2- bioconductor-biocgenerics=0.40.0=r41hdfd78af_0- bioconductor-biocio=1.4.0=r41hdfd78af_0- bioconductor-biocparallel=1.28.3=r41hc247a5b_1- bioconductor-biostrings=2.62.0=r41hc0cfd56_2- bioconductor-delayedarray=0.20.0=r41hc0cfd56_2- bioconductor-delayedmatrixstats=1.16.0=r41hdfd78af_0- bioconductor-dropletutils=1.14.2=r41hc247a5b_1- bioconductor-edger=3.36.0=r41hc247a5b_2- bioconductor-genomeinfodb=1.30.1=r41hdfd78af_0- bioconductor-genomeinfodbdata=1.2.7=r41hdfd78af_2- bioconductor-genomicalignments=1.30.0=r41hc0cfd56_2- bioconductor-genomicranges=1.46.1=r41hc0cfd56_1- bioconductor-hdf5array=1.22.1=r41hc0cfd56_1- bioconductor-iranges=2.28.0=r41hc0cfd56_2- bioconductor-limma=3.50.3=r41hc0cfd56_0- bioconductor-matrixgenerics=1.6.0=r41hdfd78af_0- bioconductor-noiseq=2.38.0=r41hdfd78af_0- bioconductor-rhdf5=2.38.1=r41hbe1951d_0- bioconductor-rhdf5filters=1.6.0=r41hc247a5b_2- bioconductor-rhdf5lib=1.16.0=r41hc0cfd56_2- bioconductor-rhtslib=1.26.0=r41hc0cfd56_2- bioconductor-rsamtools=2.10.0=r41hc247a5b_2- bioconductor-rtracklayer=1.54.0=r41h171f361_4- bioconductor-s4vectors=0.32.4=r41hc0cfd56_0- bioconductor-scuttle=1.4.0=r41hc247a5b_2- bioconductor-singlecellexperiment=1.16.0=r41hdfd78af_0- bioconductor-sparsematrixstats=1.6.0=r41hc247a5b_2- bioconductor-summarizedexperiment=1.24.0=r41hdfd78af_0- bioconductor-xvector=0.34.0=r41hc0cfd56_2- bioconductor-zlibbioc=1.40.0=r41hc0cfd56_2- bwidget=1.9.14=ha770c72_1- bx-python=0.9.0=py39h6471ffd_0- bzip2=1.0.8=h7f98852_4- c-ares=1.18.1=h7f98852_0- ca-certificates=2022.12.7=ha878542_0- cairo=1.16.0=ha61ee94_1014- cffi=1.15.1=py39he91dace_3- click=8.1.3=unix_pyhd8ed1ab_2- curl=7.26.0=1- cutadapt=4.1=py39hbf8eff0_1- dnaio=0.10.0=py39hbf8eff0_0- expat=2.5.0=hcb278e6_1- font-ttf-dejavu-sans-mono=2.37=hab24e00_0- font-ttf-inconsolata=3.000=h77eed37_0- font-ttf-source-code-pro=2.038=h77eed37_0- font-ttf-ubuntu=0.83=hab24e00_0- fontconfig=2.14.2=h14ed4e7_0- fonts-conda-ecosystem=1=0- fonts-conda-forge=1=0- freetype=2.12.1=hca18f0e_1- fribidi=1.0.10=h36c2ea0_0- future=0.18.3=pyhd8ed1ab_0- gcc_impl_linux-64=12.2.0=hcc96c02_19- geos=3.11.2=hcb278e6_0- gettext=0.21.1=h27087fc_0- gfortran_impl_linux-64=12.2.0=h55be85b_19- giflib=5.2.1=h0b41bf4_3- glpk=5.0=h445213a_0- gmp=6.2.1=h58526e2_0- graphite2=1.3.13=h58526e2_1001- gsl=2.7=he838d99_0- gxx_impl_linux-64=12.2.0=hcc96c02_19- harfbuzz=6.0.0=h8e241bc_0- htslib=1.17=h6bc39ce_0- icu=70.1=h27087fc_0- isa-l=2.30.0=ha770c72_4- jinja2=3.1.2=pyhd8ed1ab_1- jpeg=9e=h0b41bf4_3- kernel-headers_linux-64=2.6.32=he073ed8_15- keyutils=1.6.1=h166bdaf_0- krb5=1.19.3=h3790be6_0- lcms2=2.14=h6ed2654_0- ld_impl_linux-64=2.40=h41732ed_0- lerc=4.0.0=h27087fc_0- libblas=3.9.0=16_linux64_openblas- libcblas=3.9.0=16_linux64_openblas- libcups=2.3.3=h3e49a29_2- libcurl=7.87.0=h91b91d3_0- libdeflate=1.13=h166bdaf_0- libedit=3.1.20191231=he28a2e2_2- libev=4.33=h516909a_1- libexpat=2.5.0=hcb278e6_1- libffi=3.4.2=h7f98852_5- libgcc-devel_linux-64=12.2.0=h3b97bd3_19- libgcc-ng=12.2.0=h65d4601_19- libgfortran-ng=12.2.0=h69a702a_19- libgfortran5=12.2.0=h337968e_19- libglib=2.74.1=h606061b_1- libgomp=12.2.0=h65d4601_19- libiconv=1.17=h166bdaf_0- liblapack=3.9.0=16_linux64_openblas- libnghttp2=1.51.0=hdcd2b5c_0- libnsl=2.0.0=h7f98852_0- libopenblas=0.3.21=pthreads_h78a6416_3- libpng=1.6.39=h753d276_0- libsanitizer=12.2.0=h46fd767_19- libsqlite=3.40.0=h753d276_0- libssh2=1.10.0=haa6b8db_3- libstdcxx-devel_linux-64=12.2.0=h3b97bd3_19- libstdcxx-ng=12.2.0=h46fd767_19- libtiff=4.4.0=h0e0dad5_3- libuuid=2.38.1=h0b41bf4_0- libwebp-base=1.3.0=h0b41bf4_0- libxcb=1.13=h7f98852_1004- libxml2=2.10.3=hca2bb57_4- libzlib=1.2.13=h166bdaf_4- loguru=0.6.0=py39hf3d152e_2- lzo=2.10=h516909a_1000- lzstring=1.0.4=py_1001- make=4.3=hd18ef5c_1- markupsafe=2.1.2=py39h72bdee0_0- ncurses=6.3=h27087fc_1- numpy=1.23.3=py39hba7629e_0- openjdk=17.0.3=h58dac75_5- openssl=1.1.1t=h0b41bf4_0- pandas=1.5.0=py39h4661b88_0- pandoc=2.19.2=h32600fe_2- pango=1.50.14=hd33c08f_0- pbzip2=1.1.13=0- pcre2=10.40=hc3806b6_0- perl=5.32.1=2_h7f98852_perl5- picard=2.27.5=hdfd78af_0- pigz=2.6=h27826a3_0- pip=22.2.2=pyhd8ed1ab_0- pixman=0.40.0=h36c2ea0_0- plotly=5.10.0=pyhd8ed1ab_0- pthread-stubs=0.4=h36c2ea0_1001- pybigwig=0.3.18=py39h792ddb7_2- pycparser=2.21=pyhd8ed1ab_0- pysam=0.19.1=py39h9abd093_1- python=3.9.13=h9a8a25e_0_cpython- python-dateutil=2.8.2=pyhd8ed1ab_0- python-isal=1.1.0=py39hb9d737c_1- python-lzo=1.14=py39h388aed1_2- python_abi=3.9=3_cp39- pytz=2023.3=pyhd8ed1ab_0- qualimap=2.2.2d=hdfd78af_2- r-abind=1.4_5=r41hc72bb7e_1004- r-argparse=2.1.6=r41hc72bb7e_1- r-askpass=1.1=r41h06615bd_3- r-assertthat=0.2.1=r41hc72bb7e_3- r-backports=1.4.1=r41h06615bd_1- 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