MAFFT（Multiple Alignment using Fast Fourier Transform）是一款廣泛使用且高效的多序列比對軟件，由日本京都大學的Katoh Kazutaka等人開發，最早發布于2002年，并持續迭代優化至今。
它支持從幾十條到上萬條核酸或蛋白質序列的快速比對，同時在準確率和計算效率之間提供靈活的選擇。
核心特點
| 特點 | 說明 |
|---|---|
| 快速 | 借助快速傅里葉變換（FFT）加速比對計算，尤其在處理長序列和大規模數據集時顯著快于傳統算法。 |
| 靈活性強 | 提供多種比對策略，從快速粗略比對（適合大規模數據）到高精度比對（適合小數據集和高保守區），用戶可根據需求選擇。 |
| 適配性好 | 適用于DNA、RNA和蛋白質序列，可處理部分重疊序列、片段化序列和大型基因家族。 |
| 并行化支持 | 支持多線程，能充分利用多核CPU加速計算。 |
| 可擴展性強 | 適合從小規模（<100個序列）到超大規模（>100,000個序列）的多種應用場景。 |
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