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文章目錄
- 介紹
- 原理
- 步驟
- 加載R包
- 數據下載
- 導入數據
- 數據預處理
- 計算距離矩陣
- ANOSIM檢驗
- 非度量多維排列NMDS
- 應力值（stress value）
- 畫圖
- 輸出
- 系統信息
介紹
非度量多維排列（Non-metric Multidimensional Scaling, NMDS）是一種用于可視化多變量樣本之間相似性水平的方法。它基于距離矩陣進行排序分析，是一種間接梯度分析方法。NMDS的目標是在低維空間中盡可能準確地展示樣本在高維空間中的關系。
原理
- 基于秩次：NMDS將原始的距離矩陣轉換為秩矩陣，即關注樣本之間的相對排序關系，而不是具體的距離值。例如，如果樣本A與樣本B的距離是5，而與樣本C的距離是10，NMDS會將B視為與A最近的樣本，C為次近的樣本。
- 靈活性：由于NMDS基于距離矩陣，因此它可以使用任何距離度量方法。這使得NMDS在處理不同類型的數據（如定量、半定量、定性或混合變量）時具有很高的靈活性。
 和 競態條件 (Race Condition))
