導讀：

用沖積圖展示ceRNA網絡可以更好地查看競爭和吸附關系，讓靜態的圖，“流動”起來。

沖積圖簡介

Alluvial plot（沖積圖）是一種流程圖，最初設計用于展示網絡結構隨時間的變化。這種圖表特別適用于展示數據中的分類如何從一個組別流向另一個組別，例如在分析不同子類型樣本中的細胞如何在不同聚類中分布，或者在不同數據集中的細胞如何在不同聚類中分布的情況。Alluvial plot 通過水平或垂直的流帶（ribbons）來表示數據流，這些流帶的寬度可以表示數據量或者數據的比例。在R語言中，可以通過ggalluvial包來創建這種圖表。

CeRNA簡介

CeRNA（competing endogenous RNAs，競爭性內源RNA）是一種RNA間的相互作用機制，它們通過應答元件（microRNA response elements，MREs）與microRNA結合，從而影響microRNA導致的基因沉默來調節基因表達。CeRNA的概念中有兩個關鍵詞，競爭和內源。內源指的是這個調控機制在生物體內自然存在，而競爭是這個機制的核心。在ceRNA的調控機制中，不同的RNA分子，如mRNA、lncRNA、假基因和circRNA等，都可能含有與特定miRNA互補的序列，這些RNA分子通過共享的MREs與miRNA競爭結合，形成一種復雜的調控網絡 。這一領域的研究正在不斷深入，有望為疾病標志物的發現和治療提供新的策略。

1.打開作圖URL

微生信-免費在線繪制沖積圖（alluvial plot）

2.示例數據

點擊圖片上方的示例數據，下載，并使用excel打開。

示例數據包括3列：

第1列：circRNA，以circBase id展示

第2列：miRNA，以miRbase id展示

第3列：mRNA，以gene symbol展示

注：也可以繪制4+列，但最少2列

3.輸入檢查

Ctrl+A選中示例數據，Ctrl+C拷貝，Ctrl+V粘貼到輸入框。

?然后使用輸入框下面的“輸入檢查”按鈕先對輸入數據進行檢查。若檢查不通過，請根據檢查提示重復【修改-輸入檢查】步驟，直到檢查通過（如下圖所示），然后可以繼續往下進行。

注：輸入檢查是新加功能，它會根據不同模塊的輸入要求，逐行逐列檢查輸入數據，并給出提示，確保數據符合模塊要求。

4.參數選擇

圖片大小：圖片寬度，圖片高度

文字大小：矩形上標注文字的字體大小

透明度：矩形連線（流動帶）的透明度，0表示完全透明（消失），1表示完全不透明（與左側矩形的顏色一樣）。

矩形寬度：控制矩形的寬度，也可以通過設置圖片寬度和高度調整

顏色：自定了30種顏色，按照出圖后，從上到下，從左到右的順序。其中帶的顏色是左側矩形顏色加上透明度。

字體：Times New Roman和Arial字體

5.提交出圖

檢查通過，并且參數選好后，點擊“提交”按鈕，約5s后，會在頁面上呈現富集結果漸變樹圖預覽。我們提供了pdf，svg兩種矢量圖，png，tiff兩種標量圖供大家下載使用。其中矢量圖可以使用acrobat illustrator進行編輯、組圖等。

?

除了可以繪制3列數據外，有可以繪制4列甚至更多列數據。例如下圖，繪制了circRNA-miRNA-mRNA-mRNA，其中前3列構成ceRNA關系，后邊兩列是蛋白質相互作用（PPI）。若節點太多，則不建議用沖積圖展示，可以考慮網絡圖，弦圖等。

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