植物small RNA靶基因預測軟件,psRobot

psRoto軟件安裝

  1. 網址
http://omicslab.genetics.ac.cn/psRobot/downloads.php
  1. 下載和安裝
wget http://omicslab.genetics.ac.cn/psRobot/program/WebServer/psRobot_v1.2.tar.gz
#
tar -zxvf psRobot_v1.2.tar.gz
#
cd psRobot_v1.2
##
./configure
make 
make install

psRoto中的4個程序

  1. psRobot_map

psRobot_map 用于在較長的參考序列中找到短序列(小于 40bp)的所有完美匹配位置;

  1. psRobot_mir

psRobot_mir旨在從高通量測序數據中為一批輸入序列尋找具有莖環前體的小RNA(如miRNA或shRNA)

  1. psRobot_tar

psRobot_tar 用于尋找潛在的小 RNA 靶標

  1. psRobot_deg

psRobot_deg 用于識別用戶指定的退化組數據支持哪些小 RNA 靶點


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  • 精美圖形繪制教程
  • 《R語言繪圖專欄–50+圖形繪制教程》

3. 轉錄組分析教程

  • 轉錄組上游分析教程[零基礎]

  • 一個轉錄組上游分析流程 | Hisat2-Stringtie

  • Samll RNA上游分析

4. 轉錄組下游分析

  • 批量做差異分析及圖形繪制 | 基于DESeq2差異分析

  • GO和KEGG富集分析

  • 單基因GSEA富集分析

  • 全基因集GSEA富集分析

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