參閱：開源版PyMol安裝保姆級教程

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pip show pymol
簡介: PyMOL是一個Python增強的分子圖形工具。它擅長蛋白質、小分子、密度、表面和軌跡的3D可視化。它還包括分子編輯、射線追蹤和動畫。

先從 www.python.org 下載 python-3.11.9-amd64.exe
在 Win 10 上安裝在 D:\Python311
cd D:\Python311
python.exe -m pip install --upgrade pip

pip install \pyMol\numpy-1.22.4+mkl-cp311-cp311-win_amd64.whl
pip install \pyMol\Pmw-2.0.1-py3-none-any.whl
pip install \pyMol\pymol-2.6.0a0-cp311-cp311-win_amd64.whl
pip install \pyMol\pymol_launcher-2.5-cp311-cp311-win_amd64.whl

D:\Python311> pip install pyqt5
Successfully installed PyQt5-Qt5-5.15.2 PyQt5-sip-12.17.0 pyqt5-5.15.11

安裝成功之后 PyMOL.exe 在 D:\Python311\，右鍵點擊發送到桌面快捷即可。

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PyMOL 如何繪制 galidesivir 分子結構 ？

要在 PyMOL 中繪制 galidesivir（一種抗病毒核苷類似物）的分子結構，可以按照以下步驟操作：

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方法 1：從 PubChem 直接加載（推薦）

1. 獲取 PubChem CID
   Galidesivir 的 PubChem CID 是 135565784（可通過 PubChem 頁面 確認）。

2. 在 PyMOL 中執行命令
   打開 PyMOL，在命令輸入欄運行：

   fetch 135565784, type=sdf, async=0
   

   • fetch：從在線數據庫下載結構
   • type=sdf：指定文件格式為 SDF（PubChem 的默認小分子格式）
   • async=0：同步加載（等待下載完成）

3. 優化顯示效果
   加載后執行以下命令優化顯示：

   # 顯示球棍模型
   show sticks
   show spheres# 調整樣式
   set stick_radius, 0.1
   set sphere_scale, 0.2# 按原子類型著色
   util.cbag# 添加背景和標簽
   bg white
   set label_size, 20
   

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方法 2：手動導入結構文件

1. 下載結構文件

   • 訪問 Galidesivir 的 PubChem 頁面
   • 點擊 “Download” → 選擇 SDF 或 PDB 格式保存（如 galidesivir.sdf）。

2. 在 PyMOL 中導入文件

   # 加載文件
   load /path/to/galidesivir.sdf# 或使用圖形界面：
   # File → Open → 選擇下載的文件
   

3. 調整顯示樣式（同方法 1 步驟 3）
   
   

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方法 3：使用 SMILES 字符串構建

1. 獲取 SMILES 字符串
   Galidesivir 的 SMILES：

   C[C@H]1O[C@H]([C@H](O)[C@@H]1N2C=NC3=C2N=CN=C3N)COP(=O)(O)O
   

2. 在 PyMOL 中生成結構
   運行以下腳本：

   # 生成分子對象
   smiles = "C[C@H]1O[C@H]([C@H](O)[C@@H]1N2C=NC3=C2N=CN=C3N)COP(=O)(O)O"
   cmd.create("galidesivir", smiles)# 優化幾何結構（可選）
   cmd.clean("galidesivir")# 顯示樣式
   show sticks, galidesivir
   util.cbag
   

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常見問題解決

• 結構不顯示？
  確保已執行 show sticks 或 show spheres。

• 原子重疊/扭曲？
  用 cmd.clean("對象名") 優化幾何結構。

• 文件格式錯誤？
  優先使用 SDF 格式（PDB 格式可能丟失鍵合信息）。

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通過以上任一方法，即可在 PyMOL 中清晰展示 galidesivir 的分子結構。推薦 方法 2（直接手動下載 *.sdf文件，再打開文件，顯示3D。