服務器生信環境配置腳本的重要性在于它為生物信息學的數據分析提供了一個統一和標準化的計算環境。通過自動化的配置腳本，可以快速地在服務器上部署和設置生物信息學的軟件和依賴庫，確保分析的可重復性和準確性。這樣，生物信息學家和研究人員可以節省寶貴的時間，避免了繁瑣的手動配置過程，并且減少了因環境設置不當導致的錯誤。使用配置腳本，研究團隊能夠更高效地協作，因為每個成員可以在相同的環境中工作，無論他們使用哪臺服務器。此外，這種自動化配置也有助于科學研究的透明度和開放性，因為它允許其他研究者在相同或相似的環境中復現實驗結果。

#!/bin/bash#### ?1、設置工作路徑并以root用戶登陸
cd /root/
sudo apt-get update#### ?2、創建高級用戶bob并設置密碼
sudo userdel -r -s /bin/bash bob
echo "2、創建高級用戶bob并設置密碼"
sudo useradd -m bob
echo "bob:123456" | sudo chpasswd
echo "Done"####  3、安裝R
sudo apt-get install -y r-base#### ?4、配置Rstudio-server環境
echo "4、配置Rstudio-server環境"
sudo apt-get install gdebi-core
wget https://download2.rstudio.org/server/jammy/amd64/rstudio-server-2023.12.1-402-amd64.deb
sudo gdebi -n rstudio-server-2023.12.1-402-amd64.deb
rm rstudio-server-2023.12.1-402-amd64.deb
echo "Done"#### ?5、添加Rstudio-server端口
echo '5、請開放服務器安全組的TCP:8787入站規則'
read name
echo "Done 請使用host:8787連接"####  6、切換為bob用戶登陸
su - bob#### ?7、配置用戶conda環境
echo "7、配置conda環境"
wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2023.09-0-Linux-x86_64.sh
bash Anaconda3-2023.09-0-Linux-x86_64.sh -b
rm Anaconda3-2023.09-0-Linux-x86_64.sh
echo "Done"#### ?8、初始化conda環境
echo "8、初始化conda環境"
echo  '
# >>> conda initialize >>>
# !! Contents within this block are managed by 'conda init' !!
__conda_setup="$('/home/bob/anaconda3/bin/conda' 'shell.bash' 'hook' 2> /dev/null)"
if [ $? -eq 0 ]; theneval "$__conda_setup"
elseif [ -f "/home/bob/anaconda3/etc/profile.d/conda.sh" ]; then. "/home/bob/anaconda3/etc/profile.d/conda.sh"elseexport PATH="/home/bob/anaconda3/bin:$PATH"fi
fi
unset __conda_setup
# <<< conda initialize <<<
' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc
echo "Done"#### ?9、更新conda
# echo "9、更新conda"
# conda update -n base -c defaults conda --yes
# echo "Done"####  10、安裝Plink
echo "10、安裝Plink"
wget https://s3.amazonaws.com/plink1-assets/plink_linux_x86_64_20231211.zip
mkdir plink
unzip plink_linux_x86_64_20231211.zip -d ./plink/
rm plink_linux_x86_64_20231211.zip
echo 'export PATH=$PATH:/home/bob/plink' >> ./.bashrc
source ~/.bashrc
echo "Done"#### ?11、安裝LDSC軟件和環境
echo '11、安裝LDSC軟件和環境'
git clone https://github.com/bulik/ldsc.git
cd ldsc
conda env create --file environment.yml
# conda env create -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge --file environment.yml
cd ..
echo "Done"#### ?12、安裝PRS-CS
echo "12、安裝PRS-CS"
git clone https://github.com/getian107/PRScs.git
echo "Done"#### ?13、安裝PRS-CSx
echo "13、安裝PRS-CSx"
git clone https://github.com/getian107/PRScsx.git
echo "Done"