網上這方面的比較文章已經有不少了，不過大都是要么從很高的角度說的，要么就是從底層說的，本人就以自己這幾年的編程經歷中的感受，來談談自己的體會。

相似性：

Java和C#都是一門面向對象的語言，Java更多地借鑒了C++的優點，而摒棄了它的一些不太容易被人掌握的知識點（有些不能說是缺點），并且增加了一些自己的特點，而C#則是更多地借鑒了Java的優點，而增加了一些自己的特點。

個人猜測，在Java語言出現之前，C++被廣泛使用，而且被認為容易使用，Java如此類似于C++，致使人們更容易接受；而現在Java是最廣泛使用的，C#如此接近Java，則更容易吸引Java開發人員（僅僅是猜測）。也就是說Java站在C++的肩膀上，而C#站在了Java的肩膀上。

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跨平臺特性

跨平臺特性的最大優點就是只要有相應的運行環境，同一個編譯好的程序就能在上面運行，而不需要重新編譯程序，它的缺點就是不能針對特定平臺，所以不能充分利用平臺特性，因而在性能上會有所降低，幸運的是現在的硬件比以前大大提高，這部分的降低在絕大部分情況下可以不用考慮。而且Java和C#都有自動垃圾回收機制，運行時環境可以自動清理不再使用的內存，減少了手動釋放內存的風險。

Java的跨平臺特性建立在可以跨越多個不同種類的操作系統平臺，比如Windows、Linux、Unix等，但是需要注意的是不是說Java能在所有的系統上都能跨平臺，必須實現在該操作系統上的Java運行時環境JRE才行，也就是說假如今天有人開發了一個前所未有的系統，這時候Java程序是不能在上面運行的——因為還沒有針對這個操作系統的Java虛擬機（JVM），好在在當今絕大部分操作系統上都有針對該系統的JVM，所以它能“一次編譯，到處運行”。

C#的跨平臺則是建立跨Windows平臺的基礎上的（有一個針對非Windows的.net運行環境，不過好像還不是太好），不像以前Windows95下的程序到WindowsXP下就不能運行，或者WindowsXP下的程序到Windows95下也不能運行（這種情況居多），現在呢，只要安裝一個.net framework（也就是.net程序的運行時環境），在Windows2003下編寫的.net程序不用重新編譯就能在Windows98下運行，只要這臺安裝Windows98的機子安裝了.net程序的運行時環境。

這一個回合Java勝出。

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語法特性

Java拋棄了指針，使用了包（package）的概念，導入包使用import語句，在Java中有幾種非面向對象的數據類型，那就是byte、char、short、int、long、float、double這幾種數據類型，在方法中傳遞時僅僅是傳遞它們的值，為了方便一些集合類的操作（它們存儲的是對象類型），又增加了它們的包裝類Byte、Char、Short、Integer、Long、Float、Double。

在Java中存在屬性的概念，這些都是通過setXXX()、getXXX()來設置。

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C#沒有完全拋棄指針（在unsafe狀態下還可以操作指針），對于類的管理采用了名稱空間（namespace）的概念，并且還使用了out、ref等關鍵字，便于從一個方法返回多個結果，在C#中不僅存在屬性，還有索引器等比較方便的特性。

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生成文檔doc文檔

在利用程序中的特殊注釋生成api文檔方面，兩種語言都有不錯的表現，不過C#更勝一籌，它能利用注釋在輸入類成員時提示，便于程序員不用去看程序源碼而知道程序的大概用途，而Java這方面沒有。

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IDE（集成開發環境）方面

Java的IDE是非常多，從龐大的Jbuilder到小巧的Jcreator，還有可以擴充的Eclipse，可以說Java的IDE的數量是非常多的。

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C#的IDE不多，除了微軟自己的VS.NET之外，好像還有Borland的C#Builder，除此之外，廣為認知好像不多。

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性能方面

Java采用了字節碼(bytecode)，而C#則采用了MSIL，它們的性能都是介于解釋型語言和生成本地機器代碼之間的，在本人的測試中，C#的性能略高于Java，可能Java的字節碼要適用多個系統多個平臺的緣故吧。

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企業開發方面

由于Java出現的時間長的緣故，并且還能跨平臺，采用EJB等解決方案，所以目前絕大部分網站都是基于J2EE開發的（大部分都是J2EE+MySQL+Apache+Linux，都是免費的）。

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C#做的大型網站，它也有針對EJB的Net Remoting技術，由于它限制了必須(IIS+Windows)，所以大型的網站不是太多，不過隨著時間的推移，可能會有更多的網站采用asp.net技術。畢竟微軟的東西一向傻瓜化，門檻低，能夠吸引一些初級編程人員到這個行列中來。而且微軟的asp.net采用了代碼和頁面分離技術，的確能方便編程人員。

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總結：

記得有一句話，大意是這樣的，Linux就像專業相機，拍攝出來的照片取決于你的攝影技術；而Windows就像傻瓜相機，只要會按快門就能拍照。我覺得Java就像Linux，添加一個按鈕，一個標簽都需要你指定樣式，放置到哪里也需要你指定；而C#則繼續秉承了Windows的特點，傻瓜化，便于操作，便于上手。

補充一點：好像搞Java的同等情況下比C#的高，可能是物以稀為貴吧：）。?