讀文獻先讀圖:GO弦圖怎么看?

GO弦圖(Gene Ontology Chord Diagram)是一種用于展示基因功能富集結果的可視化工具,通過弦狀連接可以更直觀的展示基因GO term(如生物過程、分子功能等)之間的關聯。

GO弦圖解讀

圖片


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①內圈連線表示基因和生物過程之間的關聯,相同顏色的連線表示這幾種基因富集到該term上

②篩選出參與這些個生物過程的基因

③標注顯著富集的GO term的名稱和顏色標識

④不同顏色代表不同的GO term


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GO弦圖的適用場景與局限性

適用場景:

展示少量GO term(6-8個)及其關聯基因,適合功能富集的概覽

比較不同實驗條件下的基因功能差異(如疾病vs正常樣本)

局限性:

基因或GO term過多時圖形易混亂,需縮寫或調整字體

無法展示基因間復雜調控網絡,需結合其他圖表(如網絡圖)

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