HHblits 與 HHsearch 的核心區別及遠源同源檢測能力對比
一、核心功能與定位差異
| 特征 | HHblits | HHsearch |
|---|---|---|
| 核心目標 | 快速迭代搜索，構建高質量多序列比對（MSA）和 Profile HMM，用于大規模序列聚類與初步同源篩選。 | 高精度 Profile HMM-HMM 比對，用于深度同源檢測與結構 / 功能預測，尤其適合已知 MSA 或 HMM 的精細分析。 |
| 輸入 | 單條查詢序列（FASTA）或初始 MSA，通過迭代搜索逐步擴展比對結果。 | 查詢 Profile HMM（通常由 HHblits 生成的 MSA 轉換而來）或直接輸入的 HMM 文件。 |
| 數據庫類型 | 聚類數據庫（如 Uniclust30，包含預計算的 Profile HMM 簇），適合快速過濾海量序列。 | 結構或功能數據庫（如 PDB70、Pfam），存儲高精度 Profile HMM，用于精準比對。 |
| 輸出 | 擴展的 MSA（A3M 格式）、迭代生成的 Profile HMM，以及初步同源匹配列表（含 E 值、序列相似性）。 | 高置信度的 HMM-HMM 對齊 |
